Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,655,760 | C→T | 7.1% | L211L (CTG→CTA) | PP_3220 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,655,760 | 0 | C | T | 7.1% | 163.2 / 2.1 | 56 | L211L (CTG→CTA) | PP_3220 | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/28); new base T (2/2); total (26/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 |
TCGAGCAGGGCGCGGGTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCAGGGCGATGGCAATCAGCACCCGCTG > NC_002947/3655620‑3655906 | tCGAGCAGGGCGCGGGTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCTAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCga < 1:177020/149‑1 (MQ=255) tCGAGCAGGGCGCGGGTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCga < 8:102174/149‑1 (MQ=255) gAGCAGGGCGCGGGTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCagcagc > 4:121352/1‑145 (MQ=255) gCAGGGCGCGGGTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGTCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATg < 1:247566/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCt > 5:33086/1‑149 (MQ=255) gggTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCg > 3:158718/1‑149 (MQ=255) gggCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTg > 3:57304/1‑148 (MQ=255) ggCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTg > 1:349024/1‑147 (MQ=255) cgcCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCAGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAgg > 8:96202/1‑149 (MQ=255) ccccAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGt > 5:87658/1‑148 (MQ=255) cccAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGa > 3:74563/1‑149 (MQ=255) agagGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATTAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATc > 4:159064/1‑148 (MQ=255) agagGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATTAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATc < 3:153554/148‑1 (MQ=255) agagGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATTAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATc < 3:159064/148‑1 (MQ=255) agagGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATTAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATc > 4:153554/1‑148 (MQ=255) ggATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGTCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCgaga < 5:291171/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATAcg > 3:146737/1‑149 (MQ=255) ccGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGAc > 7:2548/1‑120 (MQ=255) ccGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGAc < 8:2548/120‑1 (MQ=255) ccGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATAcgc < 6:87658/148‑1 (MQ=255) gCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGc < 8:246269/149‑1 (MQ=255) gAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATa < 4:258368/138‑1 (MQ=255) gAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGAGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATa > 3:258368/1‑138 (MQ=255) cGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCGGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGt > 5:74657/1‑148 (MQ=255) cGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCATCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCATCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACGAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTc < 4:51700/149‑1 (MQ=255) tgtTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCAc > 1:7686/1‑149 (MQ=255) ttCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGt < 3:121352/149‑1 (MQ=255) tCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGt < 7:203038/148‑1 (MQ=255) gACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTg > 8:270212/1‑135 (MQ=255) gACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTg < 7:270212/135‑1 (MQ=255) gACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCa < 6:33086/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGTTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAgc < 4:74563/149‑1 (MQ=255) gCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCa < 7:96202/149‑1 (MQ=255) aCCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCga < 6:91230/113‑1 (MQ=255) aCCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACtgg < 1:154967/149‑1 (MQ=255) cccTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACtggt < 4:57304/149‑1 (MQ=255) cTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGc < 2:7686/148‑1 (MQ=255) tcatcaCCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATAcg > 7:261793/1‑112 (MQ=255) tcatcaCCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATAcg < 8:261793/112‑1 (MQ=255) tcaCCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCtcgtcg > 5:316323/1‑149 (MQ=255) ggCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCgatgat > 1:51323/1‑148 (MQ=255) ggTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAAc < 1:142309/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCa < 4:72681/115‑1 (MQ=255) tCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATAGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCa > 3:72681/1‑115 (MQ=255) ggCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGt < 6:316323/148‑1 (MQ=255) ggCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTg < 2:51323/149‑1 (MQ=255) cgcgGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTgg > 3:94246/1‑148 (MQ=255) acaGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCCATGATCAACCGTGGCTCGCCgg > 7:120358/1‑149 (MQ=255) caGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGc > 2:353432/1‑149 (MQ=255) aGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGc > 2:203363/1‑148 (MQ=255) ggCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCa < 4:146737/149‑1 (MQ=255) tGCCCAGATCATGGGTGATGGTCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCAGGGc > 4:68692/1‑148 (MQ=255) ccAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCAGGGCGATg < 4:158718/149‑1 (MQ=255) aTGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCAGGGCGATGGCAATc < 2:216167/148‑1 (MQ=255) aTGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCACGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCAGGGCGATGGCAATc > 1:216167/1‑148 (MQ=255) tCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCAGGGCGATGGCAATCAGCACCCGCTg < 4:94246/148‑1 (MQ=255) | TCGAGCAGGGCGCGGGTGTAGGGTTGCCGGGCGCCCCAGAGGATCTGCCGGGGCGAGCCGTGTTCGACCTGCTCACCCTGCTTCATCACCAGCAGGCGGTCGGCGCGGTCACAGGCCATGCCCAGATCATGGGTGATGATCAGCAGCGAGATGCCGCGCTCGGCGACCAGCAGTTGCAGGTGATCGAGAATACGCCGCTGCACAGTCACGTCCAGCGCACTGGTGGGCTCGTCGGCGATGATCAACCGTGGCTCGCCGGCCAGGGCGATGGCAATCAGCACCCGCTG > NC_002947/3655620‑3655906 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |