| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,682,888 | G→A | 7.0% | A34T (GCG→ACG) | PP_3249 → | putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,682,888 | 0 | G | A | 7.0% | 165.6 / 2.3 | 57 | A34T (GCG→ACG) | PP_3249 | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/29); new base A (2/2); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
CAGAGCGGCTAGGCTTGAAAATTTCCGATTCATGACGGGAGATTTTCCATGTACGCACGTCGTGAAGTCCTACGCGCAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAGGCATTTTTCGAAGGCGGCGGCCGGGTGATC > NC_002947/3682741‑3683034 | cAGAGCGGCTAGGCTTGAAAATTTCCGATTCATGACGGGAGATTTTCCATGTACGCACGTCGTGAAGTCCTACGCGCAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGTC‑GGGTttgcttgc < 2:322314/149‑1 (MQ=255) agCGGCTAGGCTTGAAAATTTCCGATTCATGACGGGAGATTTTCCATGTACGCACGTCGTGAAGTCCTACGCGCAGGTGTAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTgcgcg > 2:129323/1‑149 (MQ=255) cTAGGCTTGAAAATTTCAGATTCATGACCGGAGATTTTCCATGTACTCACGTCGTGAAGTCCTACGCGCAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTCGCTGCACGCTGCCGCGACGGC‑GGGTTAGCTTGCGCGCAAAg > 3:84589/1‑149 (MQ=255) 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aCGCGCAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAgg > 3:51434/1‑146 (MQ=255) gcAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCg > 2:224287/1‑108 (MQ=255) gcAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCg < 1:224287/108‑1 (MQ=255) cAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAAc < 1:132216/149‑1 (MQ=255) aaCATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGc > 1:2996/1‑149 (MQ=255) aCATTGGGTTTGCTGGCCGCCGCCCTCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTGCCGTCCACCGGGTAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGcc < 8:50050/149‑1 (MQ=255) 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4:171110/148‑1 (MQ=255) gccgccgccAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGAGCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAg < 4:22667/147‑1 (MQ=255) gccAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAg < 8:225915/111‑1 (MQ=255) gccAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAg > 7:225915/1‑111 (MQ=255) cccTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGc > 6:124839/1‑149 (MQ=255) cccTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTACGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTATTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGc > 8:73201/1‑149 (MQ=255) cccTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTACGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTATTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGc > 8:78156/1‑149 (MQ=255) cTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCg < 6:304637/71‑1 (MQ=255) cTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCg > 5:304637/1‑71 (MQ=255) cTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTACGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTATTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTc < 7:73201/149‑1 (MQ=255) cTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTACGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTATTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTc < 7:78156/149‑1 (MQ=255) tGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAGGCa > 5:335109/1‑149 (MQ=255) gCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTg > 6:149913/1‑139 (MQ=255) gCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTg < 5:149913/139‑1 (MQ=255) cACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCaa < 8:232494/143‑1 (MQ=255) cACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAgagatt > 7:232494/1‑144 (MQ=255) cgcgCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAATACGGTGCTCAAGGCATTTTTCGAAg > 1:337708/1‑149 (MQ=255) gcCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAGGCATTTTTCGAAggcg < 4:311845/149‑1 (MQ=255) ttgcGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAgg < 3:222756/120‑1 (MQ=255) ttgcGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAgg > 4:222756/1‑120 (MQ=255) ttgcGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAGGCATTTTTCGAAGGCGGCGGCCGGGTGATc > 1:76664/1‑149 (MQ=255) ttgcGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAGGCATTTTTCGAAGGCGGCGGCCGGGTGATc > 5:139361/1‑149 (MQ=255) | CAGAGCGGCTAGGCTTGAAAATTTCCGATTCATGACGGGAGATTTTCCATGTACGCACGTCGTGAAGTCCTACGCGCAGGTGCAACATTGGGATTGCTGGCCGCCGCCAGCCCTTGGCTGCACGCTGCCGCGCCGGC‑GGGTTTGCTTGCGCGCAAAGTCCCGTCCACCGGTGAAGCGTTGCCGGTGATCGGTGCCGGTACTTCGGGCAGTTTCGAGGTAGAAAACGGTTCGCCCCAGTACCTTCAGCTCAAAACGGTGCTCAAGGCATTTTTCGAAGGCGGCGGCCGGGTGATC > NC_002947/3682741‑3683034 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |