Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,825,468 | C→T | 7.4% | S193N (AGC→AAC) | ptxS ← | 2‑ketogluconate utilization repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,825,468 | 0 | C | T | 7.4% | 154.5 / 2.5 | 54 | S193N (AGC→AAC) | ptxS | 2‑ketogluconate utilization repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/26); new base T (2/2); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 |
CACTGTGGGCAAGAAACGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTCGACCAGCACCATGGGGATGTCAC > NC_002947/3825322‑3825606 | cACTGTGGGCAAGAAACGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCt > 8:105897/1‑148 (MQ=255) ggCAAGAAACGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGc > 5:132009/1‑147 (MQ=255) gCAAGAAACGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAg > 1:192434/1‑149 (MQ=255) gCAAGAAACGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAg < 1:197647/149‑1 (MQ=255) cAAGAAACGAAGCCAGTTGCCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGAAGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCCCCAg > 4:228527/1‑148 (MQ=255) aaGAAACGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGa > 3:10490/1‑149 (MQ=255) aCGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTAGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTcg > 1:206578/1‑149 (MQ=255) aGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTcgcg > 1:213535/1‑143 (MQ=255) aGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTcgcg < 2:213535/143‑1 (MQ=255) aGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGcc > 3:231182/1‑149 (MQ=255) ttGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGTTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCt > 3:284238/1‑149 (MQ=255) ttGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGTTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCt > 3:279314/1‑149 (MQ=255) gCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGTTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTggg < 4:284238/149‑1 (MQ=255) gCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGTTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTggg < 4:279314/149‑1 (MQ=255) gCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTg > 6:311492/1‑148 (MQ=255) gCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAgg < 6:328021/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGTGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAggtg < 4:231182/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAggtg < 5:113969/149‑1 (MQ=255) cGATTTCCAGTACCTGCTGCCGCATGCCTGGCGTTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCTTGAAGTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTTGTCCAgg < 2:192434/149‑1 (MQ=255) cGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAgg < 6:147040/149‑1 (MQ=255) tttCCAGTACCTGCAGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGcc < 7:269497/149‑1 (MQ=255) cAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGc < 7:105897/148‑1 (MQ=255) cAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCt > 1:93363/1‑149 (MQ=255) ctgctgACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTg < 8:148836/117‑1 (MQ=255) ctgctgACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTg > 7:148836/1‑117 (MQ=255) ctgACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGc < 4:52084/147‑1 (MQ=255) cGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGc < 3:228527/149‑1 (MQ=255) tGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGccc > 1:235276/1‑100 (MQ=255) tGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGccc < 2:235276/100‑1 (MQ=255) tCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGa > 4:74204/1‑149 (MQ=255) cTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAg < 7:63673/149‑1 (MQ=255) tGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAgg > 4:245437/1‑149 (MQ=255) gcCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGa < 4:293024/110‑1 (MQ=255) gcCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGa > 3:293024/1‑110 (MQ=255) aaTGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGccc > 2:338141/1‑75 (MQ=255) aaTGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGccc < 1:338141/75‑1 (MQ=255) tGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCgg > 4:23782/1‑149 (MQ=255) cTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTc < 3:106292/117‑1 (MQ=255) cTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTc > 4:106292/1‑117 (MQ=255) cTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGc > 1:334872/1‑148 (MQ=255) gCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAg < 5:349287/139‑1 (MQ=255) gCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAg > 6:349287/1‑139 (MQ=255) cACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAAtt > 2:128007/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTgg < 3:74204/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTgg > 6:6083/1‑144 (MQ=255) tCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTgg < 5:6083/144‑1 (MQ=255) cAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTc < 2:93363/147‑1 (MQ=255) aGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTCGAc < 2:206578/149‑1 (MQ=255) ggCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTCGAcc < 5:311492/149‑1 (MQ=255) gTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCgg < 7:180424/129‑1 (MQ=255) gTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCgg > 8:180424/1‑129 (MQ=255) aaCTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTCGACCAGCAcc < 3:245437/149‑1 (MQ=255) gTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTCGACCAGCACCATggg < 1:128007/149‑1 (MQ=255) gAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTCACCCAGCACCATGGGGATGTCAc > 7:261110/1‑149 (MQ=255) | CACTGTGGGCAAGAAACGAAGCCAGTTGGCCCTGCAGCCCGGCGCCGATTTCCAGTACCTGCTGACGCATGCCTGGCCGTCGGCTGATCGACGCGCCGAATGCCTGCACCCGCTCCAGGCGTGAACTGGTGCCATCGAGGGGTTCGCTGACCGCCAGGATGTCGCGGTAGCCCTGGGCTTGCAGGTGGTCCAGGGCCTGCTCGACTGCGTCAGCATTGTCCAGGCCGACAAGGTCCACATTCAGCTCGGGCAATTGGCGGTCGACCAGCACCATGGGGATGTCAC > NC_002947/3825322‑3825606 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |