Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,880,838 | G→A | 8.9% | L891L (CTG→CTA) | mexF → | multidrug RND transporter MexF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,880,838 | 0 | G | A | 8.9% | 124.2 / 3.3 | 45 | L891L (CTG→CTA) | mexF | multidrug RND transporter MexF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/16); new base A (2/2); total (27/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
CAGCTCTGGTCAGGCGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGACAACAACATCTTCACCCAGATCGGCC > NC_002947/3880694‑3880983 | cAGCTCTGGTCAGGCGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTActgct < 4:254258/147‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCAGGCGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTgg > 3:321475/1‑149 (MQ=255) ctctGGTCAGGCGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTActgctg > 7:139372/1‑145 (MQ=255) ctctGGTCAGGCGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTActgctg < 8:139372/145‑1 (MQ=255) gCGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCt > 1:227701/1‑149 (MQ=255) cGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTg < 1:338359/149‑1 (MQ=255) gctgAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGaaa < 1:194013/143‑1 (MQ=255) gctgAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGaaa > 2:194013/1‑143 (MQ=255) ctgAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAg > 7:166168/1‑149 (MQ=255) gaaggaagAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGcc > 6:289510/1‑149 (MQ=255) aaggaagAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCt > 6:33185/1‑149 (MQ=255) ggaagAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTa > 2:128950/1‑132 (MQ=255) ggaagAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATACTCTCGGCCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCAGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCAGGAGCCAGc > 7:83293/1‑149 (MQ=255) aCTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTgg < 2:227701/149‑1 (MQ=255) cccAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCg < 5:33185/147‑1 (MQ=255) ccAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTACTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGt > 5:335134/1‑148 (MQ=255) cAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGccc < 2:330317/116‑1 (MQ=255) cAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGccc > 1:330317/1‑116 (MQ=255) ttCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGcc > 8:235701/1‑149 (MQ=255) gAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGAt < 7:304457/149‑1 (MQ=255) aGTGGATCGCCCTGACCTACCAGCAGCTCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTACCCGCAGTGCGCACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAACCTCGAGCCTGCCGCTGGCGGAGATCCTGAACGTGCCGAt > 6:215418/1‑148 (MQ=255) gTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCg > 7:130650/1‑127 (MQ=255) gTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCg < 8:130650/127‑1 (MQ=255) tGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTACTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGAc > 5:101360/1‑149 (MQ=255) gaccgaccTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGAccc > 3:188350/1‑149 (MQ=255) acctACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTa > 7:252099/1‑89 (MQ=255) acctACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTa < 8:252099/89‑1 (MQ=255) ctACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGa < 5:307533/134‑1 (MQ=255) ctACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGa > 6:307533/1‑134 (MQ=255) aCCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGa > 1:324577/1‑96 (MQ=255) ccAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCTTTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGc < 7:255209/125‑1 (MQ=255) ccAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGc > 8:255209/1‑125 (MQ=255) ctctCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGAt > 3:207701/1‑149 (MQ=255) tctcGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATc > 1:175216/1‑110 (MQ=255) tctcGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATc < 2:175216/110‑1 (MQ=255) tctcGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATc > 4:357973/1‑149 (MQ=255) tctcGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAACCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATc > 5:112172/1‑149 (MQ=255) tcGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATc < 3:2106/147‑1 (MQ=255) tcGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATc > 4:2106/1‑147 (MQ=255) gCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑Cg < 4:207701/149‑1 (MQ=255) ccGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTgg < 4:321475/148‑1 (MQ=255) ccGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTACTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGc < 6:335134/149‑1 (MQ=255) cGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCT‑GAGCCATCCGCATGCCGTGAAGCAGCTCCTGCCGGTTCCCCGGCAGTAGGCCATGCCCCGTGTGATGGTATACGGGTgcgg > 5:349127/1‑146 (MQ=255) gtgtTCCCGCTGGGCGTCCTGCTGGCGTTCCTGGGGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGCGCCTGCCGCTGGCGGGGATCCTGCTCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGacaacaac < 2:227802/147‑1 (MQ=255) cccGCTGTGCGTACTACTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGACAACAACATCTTc < 6:101360/148‑1 (MQ=255) ccGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGACAACAACATCTTCAc > 7:129043/1‑149 (MQ=255) tgCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGACAACAACATCTTCAcc > 2:213733/1‑144 (MQ=255) tgCGTACTGCGGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGACAACAACATCTTCACCCAGAt < 8:166168/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGACAACAACATCTTCACCCAGATCGGcc < 4:188350/148‑1 (MQ=255) | CAGCTCTGGTCAGGCGGAAGCTGCGATCGAGAAGCTGCTGAAGGAAGAACTGCCCAACGGCATGACCTTCGAGTGGACCGACCTGACCTACCAGCAGATCCTCTCGGGCAATACCGCATTGCTGGTGTTCCCGCTGTGCGTACTGCTGGCGTTCCTGGTGCTGGCCGCCCAGTACGAAAGCTGGAGCCTGCCGCTGGCGGTGATCCTGATCGTGCCGATGACCCTGCTGTCGGCCATCACCGGTGTGATCGTAT‑CGGGTGGCGACAACAACATCTTCACCCAGATCGGCC > NC_002947/3880694‑3880983 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |