| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,883,061 | A→G | 6.1% | D27G (GAC→GGC) | PP_3428 → | TPR repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,883,061 | 0 | A | G | 6.1% | 184.4 / 2.7 | 66 | D27G (GAC→GGC) | PP_3428 | TPR repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/31); new base G (2/2); total (33/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
TTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATCCGCCGTGCGGC > NC_002947/3882924‑3883202 | ttGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGGCGCCCCGCCaa > 4:337738/1‑149 (MQ=255)ttGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGGCGCCCCGCCaa > 4:332709/1‑149 (MQ=255) cccccGGCTGGCACAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGAc > 8:230749/1‑149 (MQ=255) ccGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCtt < 2:6014/149‑1 (MQ=255) ccGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCtt < 2:262308/149‑1 (MQ=255) cTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCa < 2:122800/149‑1 (MQ=255) ccAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGcaga < 7:230749/149‑3 (MQ=255) ccAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGcaca > 1:45894/1‑149 (MQ=255) tctGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACCCAGcaa > 8:297773/1‑147 (MQ=255) cccTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGc > 5:250384/1‑148 (MQ=255) cTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGcc > 3:268928/1‑147 (MQ=255) cTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCaa < 5:81987/149‑1 (MQ=255) gccgccACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCt > 7:128690/1‑149 (MQ=255) gccgccACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCt > 2:138880/1‑149 (MQ=255) ccACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTgcgc > 2:206869/1‑149 (MQ=255) ccACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTgcgc > 7:37514/1‑149 (MQ=255) cACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCa < 2:26319/121‑1 (MQ=255) cACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCa > 1:26319/1‑121 (MQ=255) ggATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAgg > 8:287260/1‑149 (MQ=255) gATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGc < 2:205991/149‑1 (MQ=255) tCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTc < 6:186119/149‑1 (MQ=255) tacGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCacg > 7:134455/3‑149 (MQ=255) aTGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTAGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCCCCAGGCTCACGACgg > 7:134973/1‑149 (MQ=255) ccAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAg > 7:149826/1‑149 (MQ=255) cAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGc < 7:287260/149‑1 (MQ=255) aGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGGCGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGcc < 3:337738/149‑1 (MQ=255) aGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGGCGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGcc < 3:332709/149‑1 (MQ=255) aGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGcc > 5:115445/1‑149 (MQ=255) aGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGcc < 8:128690/149‑1 (MQ=255) gCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGt < 2:45894/149‑1 (MQ=255) ccGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCg < 8:37514/149‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGtgtt < 1:138880/149‑1 (MQ=255) gCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGtgttgt < 6:182250/148‑1 (MQ=255) gCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGtgttgt < 1:206869/148‑1 (MQ=255) cccTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTAc < 8:134455/149‑1 (MQ=255) cccTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTAc < 4:268928/149‑1 (MQ=255) tgctgTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAg > 6:303723/1‑149 (MQ=255) tCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACggg > 7:123962/1‑130 (MQ=255) tCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCa < 6:250384/149‑1 (MQ=255) gATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCa > 8:161198/1‑111 (MQ=255) gATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCa < 7:161198/111‑1 (MQ=255) gATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCaa < 5:303723/148‑1 (MQ=255) tGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAAc > 8:145106/1‑149 (MQ=255) ggTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAAc > 1:45980/1‑148 (MQ=255) tATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGAc < 6:115445/149‑1 (MQ=255) tCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGCCGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGAcct > 7:322373/1‑149 (MQ=255) 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cTACCTGTTGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACACCTACGCCACGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATccgcc < 8:329699/149‑1 (MQ=255) cTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGAGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATccgcc > 8:178079/1‑149 (MQ=255) tACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGAcctgc > 3:123560/1‑136 (MQ=255) tACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGAcctgc < 4:123560/136‑1 (MQ=255) aCCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCCCTGCGCCACGCTCACGACGGCCACCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGAGACGTAACGACCTGCCTGCGATCCGCCGt > 5:212173/1‑149 (MQ=255) ccTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCTCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATCCGCCGTg < 8:134973/149‑1 (MQ=255) cTGTGTCGCGACGCAGCGACAACCCCGCAGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGACAGGCTCAAGACGGCCATCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTAACAGCAATTGCAACGTAACGACCTTCCTGCGATCCGCCGTgc < 8:322373/149‑1 (MQ=255) tgtgGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATCCGCCGTgcg > 5:48880/1‑149 (MQ=255) gtgGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACgg > 6:328339/1‑97 (MQ=255) gtgGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGAcctgc < 7:345683/131‑1 (MQ=255) gtgGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGAcctgc > 8:345683/1‑131 (MQ=255) tgGCGCGACGCCTCGCCAACCCCGCGGAGATTGCGAGCAGACAGCTTCGCTAAGGGTCTGCGCCATGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTTCAACGTAACGACCTGACTGCGATCCGCCGTgcg < 8:149826/147‑1 (MQ=255) tgGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATCCGCCGTgcggc > 2:145093/1‑149 (MQ=255) tgGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATCCGCCGTgcg < 2:45980/147‑1 (MQ=255) | TTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCACGGATCGTCCGATGCCCAGACGCAACCGCTACCTGATCGCCCTGCTGTTGTCGATTCTGGTATCGGCCCTGTTCGGCTACCTGTGGCGCGACGCCCCGCCAACCCCGCCGACCTTGCCAGCACACAGCTACGCCAAGGCGCTGCGCCAGGCTCACGACGGCCAGCCCGGTGCCGCACGGGTGTTGTACCAGCAATTGCAACGTAACGACCTGCCTGCGATCCGCCGTGCGGC > NC_002947/3882924‑3883202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |