Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,955,294 | G→A | 22.3% | S1697S (AGC→AGT) | mnxG ← | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,955,294 | 0 | G | A | 22.3% | 74.4 / 15.7 | 41 | S1697S (AGC→AGT) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/18); new base A (5/4); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
CCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGC > NC_002947/3955149‑3955411 | ccGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTc < 2:257073/149‑1 (MQ=255) ccGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCCGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCt > 2:281787/1‑148 (MQ=255) cgacCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGgc < 2:213287/149‑1 (MQ=255) ggCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCccac > 1:124748/1‑147 (MQ=255) ccAGCCCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCATGc > 2:93112/1‑149 (MQ=255) gcATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATgg > 8:36355/1‑132 (MQ=255) gcATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATgg < 7:36355/132‑1 (MQ=255) cATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCGCCCACCAGGCCttttt > 2:162580/1‑149 (MQ=255) cAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGgct > 4:108486/1‑149 (MQ=255) tGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGgctgct > 6:52480/1‑149 (MQ=255) cgcTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCATGCCTTTTTGCGGCTGCTtgat < 1:93112/149‑1 (MQ=255) cgcTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTtgat < 3:108486/149‑1 (MQ=255) gCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTATGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAg > 1:326631/1‑149 (MQ=255) ccACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGt < 6:162569/149‑1 (MQ=255) ccACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGt > 8:54996/1‑149 (MQ=255) acacCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCt > 7:14970/1‑149 (MQ=255) ccGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCCGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGAc < 1:281787/149‑1 (MQ=255) cGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACg < 6:298920/149‑1 (MQ=255) tGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACggg < 6:85751/149‑1 (MQ=255) gAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCa < 2:124748/149‑1 (MQ=255) cgGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTATGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAg < 2:326631/149‑1 (MQ=255) gTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGgccgc < 6:278320/149‑1 (MQ=255) tCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGgccgcc > 2:328344/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAAc > 8:133808/1‑149 (MQ=255) cGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGa < 3:236094/147‑1 (MQ=255) cGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGa > 6:366842/1‑147 (MQ=255) cGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGa < 5:366842/147‑1 (MQ=255) cGCTGACCTTCAACGTCGCCTGGGTACCGGTAGAAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCAGCAGGATCCACATGGCACCCACCAGGCCTTTTTGCGACTGATTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGTTTTAGGACTCCGAACTCGATa > 4:236094/1‑149 (MQ=255) aCCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCCCCAGGCCTTTTTGCGGCTGCGTGATGATGTCTGGCGGGGTCAGGGTGAGGCCGCCGACGTCGATTGGCgt > 4:304395/1‑149 (MQ=255) aCCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGATAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCCCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCgt > 7:52396/1‑149 (MQ=255) ccTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATACTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCgtg < 1:162580/149‑1 (MQ=255) gTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCCCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAt < 2:20099/149‑1 (MQ=255) gggCCGGGGTACGGGTAGCAGTATCCGCGGTCCTGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGGTTAtg < 4:95322/148‑1 (MQ=255) cTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAtgttgt < 5:52480/149‑1 (MQ=255) cTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAtgttgt < 1:328344/149‑1 (MQ=255) gTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAtg > 6:248263/1‑141 (MQ=255) gTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAtg < 5:248263/141‑1 (MQ=255) tACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAg > 7:218694/1‑126 (MQ=255) tACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAg < 8:218694/126‑1 (MQ=255) cTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGc > 2:334096/1‑148 (MQ=255) cTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGc < 1:334096/148‑1 (MQ=255) | CCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGC > NC_002947/3955149‑3955411 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |