Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,956,687 | T→G | 7.0% | D1233A (GAC→GCC) | mnxG ← | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,956,687 | 0 | T | G | 7.0% | 160.5 / 2.4 | 54 | D1233A (GAC→GCC) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/25); new base G (2/2); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
GCCAGCCGTGTTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGCCGGCTTGGGCAGCCCG > NC_002947/3956539‑3956834 | gcCAGCCGTGTTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGt < 6:38001/149‑1 (MQ=255) cAGCCGTGTTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCg < 4:322884/149‑1 (MQ=255) gCCGTGTTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGc < 6:206713/149‑1 (MQ=255) tgtTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCTGGCCGGCGACCt > 5:366853/1‑147 (MQ=255) tgtTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGCCGACGGCCTGGCCGGCGACCtca < 7:109543/149‑3 (MQ=255) gtTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCa > 3:248986/1‑149 (MQ=255) gATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATg < 4:43006/148‑1 (MQ=255) cggcggGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGc < 3:115935/148‑1 (MQ=255) gcggGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTg < 4:248986/149‑1 (MQ=255) gTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACGGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCCGGCCGTCGGCCTGCATGCCCCGCTGGCCGTCCGGGcc > 6:83078/1‑149 (MQ=255) tGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGAcc > 4:319430/1‑149 (MQ=255) ccgccgGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCtt < 3:290764/149‑1 (MQ=255) cgccgGTAGGGCCGACTGCCGAGGGGATCGCCGATGGCGACAGGGTCCTCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTGTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGGCGCCGGCCAGGCCGGCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTg < 5:83078/149‑1 (MQ=255) cgGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTc < 4:119211/149‑1 (MQ=255) ggTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTTCAGGGCAATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGc < 1:63542/120‑1 (MQ=255) ggTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGc > 2:63542/1‑119 (MQ=255) gTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCgg < 5:366723/149‑1 (MQ=255) gCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCa > 7:118461/1‑148 (MQ=255) gCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCAt < 8:118461/149‑1 (MQ=255) cGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACAcgcg > 7:40666/1‑147 (MQ=255) gATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGc > 6:34816/1‑147 (MQ=255) tCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGc > 7:10426/1‑149 (MQ=255) cGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTg > 6:363435/1‑103 (MQ=255) cGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTg < 5:363435/103‑1 (MQ=255) gTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGt > 2:62169/1‑149 (MQ=255) tCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGc < 3:51179/83‑1 (MQ=255) tCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGc > 4:51179/1‑83 (MQ=255) gCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTgacga < 1:62169/148‑1 (MQ=255) gCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTga > 8:295854/1‑145 (MQ=255) gCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTga < 7:295854/145‑1 (MQ=255) aTGGCGCGGTCGGTACGGGTGTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCCGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACAt < 7:226717/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATcc > 1:40848/1‑149 (MQ=255) tACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATcc < 8:40666/149‑1 (MQ=255) gggTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCAcc > 8:245383/1‑149 (MQ=255) gggTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCAcc < 2:40848/149‑1 (MQ=255) gTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCTTCCACCga < 8:10426/149‑1 (MQ=255) aGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCAc < 2:70811/140‑1 (MQ=255) aGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCAc > 1:70811/1‑140 (MQ=255) gggC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGcc > 4:34472/1‑149 (MQ=255) gC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTg > 2:193135/1‑149 (MQ=255) aTAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCg > 4:312381/1‑149 (MQ=255) tAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCgg < 5:34816/149‑1 (MQ=255) cTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGCCCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCa > 7:276569/1‑149 (MQ=255) gccgacGGCCTGGCCGGCGACCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGcc > 3:316862/6‑149 (MQ=255) gTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATcccc < 7:74868/115‑1 (MQ=255) gTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATcccc > 8:74868/1‑115 (MQ=255) gCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGtt < 7:122259/96‑1 (MQ=255) gCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGtt > 8:122259/1‑96 (MQ=255) gCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGCCGGc > 8:73659/1‑149 (MQ=255) ccGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCg < 1:192024/130‑1 (MQ=255) ccGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCg > 2:192024/1‑130 (MQ=255) ccGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGCCGGCt > 4:215660/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGCCGGCTTgg < 3:34472/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGCCGGCTTggg > 7:69734/1‑147 (MQ=255) gTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGCCGGCTTGGGCAGCCCg < 3:319430/149‑1 (MQ=255) | GCCAGCCGTGTTGATATGCGGCGGGAACAGCGTAGTGCCGCCGGTAGGGCCGACTGCCGAGGTGATCGCCGATGGCGACAGGTTCATCGCCGGGATGGCGCGGTCGGTACGGGTTTGCAGGGC‑ATAGCTGAGGTCGCCGGCCAGGCCGTCGGCCTGCATGCCACGCTTGCCGTCCGGGCCGACCTTGTTCGGGTCATACACGCGCAGGGCCAGCGGCTCGTTGCGGTAGTTGACGACGAACATCCCCGGGTCATCCACCGAGATCGCCTGCGGGCATGGCCGGCTTGGGCAGCCCG > NC_002947/3956539‑3956834 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |