| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 81.2% | 40.6 / 5.0 | 16 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base C (4/9); total (7/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126503‑1126784 | gggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAA‑cccgc < 1:8090/148‑4 (MQ=255) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTAACCCGCATGCCGAGGTATAAGCCCCCA‑CGCAATAGCCGGGA‑AAC‑CCCCCCCTAAACCGAGccccccccccc > 8:44438/1‑147 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCCCGAATGCGGCGGTAT‑AGCCCCCATCGCATTAGCCGGTT‑AAC‑CCCCGGCGACACAGAGCCCCCCACCCCACCCACGTg > 8:133612/1‑148 (MQ=255) tgGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCCCCCATGCGGAGGGTT‑AGCCACCATCCCCATAG‑CGGGTGAAA‑CCCCGCCGAAACAGAGCCCCCCCCCCCACCCACGTGGGGgggcgggcga > 2:30303/1‑146 (MQ=255) aGGTTGTGGGGGGGACATGGAGCCCGGGAGGCGCGGGTTAACCCGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCCCCACCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGa < 3:150039/148‑1 (MQ=38) ttgttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAg < 1:30303/148‑1 (MQ=255) tgtggGGTGGACATTGAGCCCTGTCGGCGGGGGTTTCCCCGCGAATGCGTAGGTAT‑CGCCACCAGCGCATTCG‑GGGGA‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGc < 1:52539/148‑1 (MQ=255) ttgGGTGGACATTGACCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGctc < 8:37280/148‑1 (MQ=255) ggggACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcga < 8:161212/146‑1 (MQ=255) tttACCCGCGAATGCGTAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGc < 7:58988/148‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg > 5:150281/1‑148 (MQ=255) ggAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGt > 5:76085/1‑148 (MQ=255) gTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc < 7:44438/148‑1 (MQ=255) tat‑aGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCg > 2:109025/1‑148 (MQ=255) taaccccaccaTCGCTTGCG‑GGGTA‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc < 1:80168/142‑1 (MQ=255) aTTCG‑CGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGCCTAACAGGCGTCCTGATAGCTCTCGAACGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGCCcggc > 6:28053/1‑148 (MQ=255) cgGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGAGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa < 4:20030/148‑1 (MQ=255) | GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTAT‑AGCCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126503‑1126784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |