Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
JC | NC_002947 | 1,843,537 | Δ3 bp | coding (1255‑1257/2754 nt) | gacS ← | sensor protein GacS |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1843536 | 1 (0.030) | 40 (1.290) | 34/288 | 0.1 | 97.6% | coding (1258/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 1843540 = | 1 (0.030) | coding (1254/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
CAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1843390‑1843536 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGG > NC_002947/1843540‑1843685 CAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCG > 8:83549/1‑148 GTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGAACATCCTGACGTGACAGGCCCATCCCGGTTTCCTGAACGCTGAAGCCCAACTGCGCGCAGTCTACGTACTCGTCTTCCAGCATCCCGCGCACGACGATGCTGCCGCGcga > 2:105310/1‑144 GTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAAC > 3:156179/1‑148 GCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGA > 8:107551/1‑148 GCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGA > 6:5141/1‑148 CTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGA > 2:106980/1‑146 GTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGA < 5:154960/148‑1 ACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCT > 1:31667/1‑148 ACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCT > 4:69447/1‑148 TCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCT < 4:140192/148‑1 TGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGA < 4:156179/148‑1 TGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGA > 2:5503/1‑148 AGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACG > 1:25190/1‑148 GGCGGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGG < 3:19320/148‑1 CGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTC < 2:148072/148‑1 GATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCG > 8:28861/1‑148 GATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCG > 4:160159/1‑148 ATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGAGCGCAGTCTTCCTGCTCCTCTTCCAGCATGGCGCGCACGAACATGGTGCCGAGGGTCAACTTGATGGCGTTGCTGACAAGGTTGGTGAGGATCTGATTAAGCCGCAACGGGTCGC > 8:43543/1‑148 GTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGC < 8:160122/148‑1 CTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAA > 7:29569/1‑148 TGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAAGGGGTCGCCTACCAGCGAA > 6:105553/1‑147 TGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAA > 3:155423/1‑147 ACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAAGGGGTCGCCTACCAGCGAAGC < 5:105553/146‑1 TGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGT > 5:165180/1‑148 TGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGT > 1:46387/1‑148 GCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCG > 5:158676/1‑148 GCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCG > 3:6793/1‑148 GCAACTGCGCGCAGTATTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCTCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTTCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGC < 6:148300/147‑1 TTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAG > 6:76524/1‑147 TCGTGCTCGTCTTCCAGCAGGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGC < 8:161947/147‑1 TGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATT > 5:133106/1‑148 TCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCC < 5:36729/147‑1 TTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGC > 4:98006/1‑148 CACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCC < 2:116796/148‑1 ACGACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACTAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCC > 3:158295/1‑147 GACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACTAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGA < 4:158295/148‑1 GACGATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTGGCTGACCAGGTTGGGGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGA < 8:114951/148‑1 ATGGTGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGTAGCGA < 3:160159/148‑1 TGCCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGAT < 7:83549/148‑1 CCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACGAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGATGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGG > 5:76697/1‑148 CAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1843390‑1843536 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGG > NC_002947/1843540‑1843685 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |