Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 92.6% | 80.0 / 1.1 | 27 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (9/16); total (11/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
AAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTG‑C‑GGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTT > NC_002947/4585909‑4586188 | aaGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑a < 2:314358/149‑1 (MQ=255) ggTAGACCACGTCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGc < 5:215398/149‑1 (MQ=38) ggCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTg < 4:410546/149‑1 (MQ=39) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt < 3:348912/148‑1 (MQ=39) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 7:290130/149‑1 (MQ=39) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTa < 6:320928/149‑1 (MQ=39) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTAG‑CGGGTAAAACCGCGCCGA‑CCAGGGAA‑CCTTGCGGCGGTGAAATCGGCGCTGCCCCAgggtggacg > 7:290354/1‑142 (MQ=255) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 1:375179/144‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 4:147359/144‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGt < 6:138731/148‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCGCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 1:391655/147‑1 (MQ=38) tgctCCTTTGATAGGTTGAGTATGAGAGGGTTCTTTGCTTGGTGAAGATCTTGCATTTTTTGGTCCTGGATCTTGGTG‑GGTTAATCTGCTCCTA‑CGAGTG‑ACCGTGGCGGTATTGTTTGAGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGtttt < 4:108369/148‑2 (MQ=255) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGATACTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCTCTGCCCCTGGGAGGAGCCGGTTTAca > 3:108369/1‑147 (MQ=255) ggATGACCCGGTGCGTGGCAAGGGCAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCCGGG‑ACCGGGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 5:352953/139‑1 (MQ=25) ggATGACCAGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAAACCGCGCCGACCCGGGG‑C‑CGGGGCGGGCGTGGATGCGGGGCGGCGCCGGGTAGGGGGGGGTTTAACCGCGAagg > 6:352953/1‑138 (MQ=255) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCt < 7:139012/101‑1 (MQ=25) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCt > 8:139012/1‑101 (MQ=25) ttcgcgggTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCacac > 2:286441/7‑140 (MQ=255) ttcgcgggTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCacac < 1:286441/134‑1 (MQ=255) gcgggTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCa > 5:428731/4‑149 (MQ=255) cgggTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCaa > 7:348028/3‑105 (MQ=255) cccGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcaca > 2:164751/1‑93 (MQ=255) cccGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcaca < 1:164751/93‑1 (MQ=255) cccGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt > 5:196148/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt > 2:334208/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTA‑CCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt < 6:196148/149‑1 (MQ=255) aGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATc > 5:67435/1‑83 (MQ=255) aGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATc < 6:67435/83‑1 (MQ=255) | AAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTG‑C‑GGTAAACCCGCTCCTA‑CCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTT > NC_002947/4585909‑4586188 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |