| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 90.5% | 129.6 / 7.1 | 42 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/0); new base C (16/22); total (20/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAG > NC_002947/1126497‑1126785 | cTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑aaa < 3:177295/149‑1 (MQ=255) ggAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGAATGCGG‑AGGGATAGCCACCATAG‑CAATCGC‑CGGT‑AAA‑c‑c > 6:116207/1‑149 (MQ=255) ccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTcc > 1:41732/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) tttACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAA‑CACGCTCCTACACAGAGCAAGCAAAACAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAAGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg > 5:208577/1‑149 (MQ=38) aCCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc > 3:26294/1‑149 (MQ=255) cgcgAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGc > 4:54616/1‑98 (MQ=255) cgcgAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGc < 3:54616/98‑1 (MQ=255) gcgAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAg < 3:345572/95‑1 (MQ=255) gcgAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAg > 4:345572/1‑95 (MQ=255) 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CTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGGT‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAG > NC_002947/1126497‑1126785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |