| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 95.9% | 155.0 / ‑0.2 | 49 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (26/21); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCA > NC_002947/1419400‑1419687 | ccTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGGCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g > 6:30814/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 5:327214/149‑1 (MQ=255) aGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctctt > 1:7436/1‑144 (MQ=255) aGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCACTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctctt > 4:42820/1‑144 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAc > 5:103366/1‑149 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc > 1:425722/1‑149 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:425722/149‑1 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGGCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGGTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCGTGCCCGcgaagag < 5:30814/149‑7 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 8:71353/1‑148 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 8:71081/1‑149 (MQ=255) aCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACAgg > 5:405318/1‑149 (MQ=255) aCAGCGGGTGAGTGTTGTGTTCGCCTTTGTAGAAGCAGGTCTTGCCGTCTGTGGTGGGTGCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCTTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGTC‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 4:283327/149‑1 (MQ=38) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGc < 7:71081/149‑1 (MQ=255) tgttgtTTTGGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCGGTCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg < 7:71353/149‑1 (MQ=39) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACCCCCGCTCCCCCCGGTTCTGTTGAGTg > 1:148863/1‑149 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGATCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGATTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTTCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGAGGGCACGCCCCCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg > 5:345636/1‑149 (MQ=255) gtgttTTCGCGTTGGAAGATGGACGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGGATTGTTTTGTTTGGCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGGTCCCTCTGGTAGTGTGCAGTgg < 2:250118/147‑2 (MQ=255) gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c > 6:422316/1‑92 (MQ=255) gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 5:422316/92‑1 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtg > 5:329729/1‑149 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCg < 6:103366/148‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAATGTGCAGTGCGTGGCGGGTGTGGTGACCCGGTGGGAGCGGGGGTGgcc > 4:132120/1‑149 (MQ=38) ttgtgttgtgttgTCGGTGGGGATTTTTTTGTTTCCGTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCGGCTCCCACAGGTACTGTGCTGTGGGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAaga < 6:345636/146‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 7:238734/134‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg > 8:238734/1‑134 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa > 5:187049/1‑147 (MQ=255) ttCTGTGGTGTTGGCGGGGGGCATTGTTTTGTTTCCCTCGATGCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCGGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAaga < 3:42820/149‑1 (MQ=37) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 4:155434/87‑1 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 3:155434/1‑87 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACCCCCCCAACCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAAGGCTGTGGTGACCCAGTGGGACCGGGCGTGCCCGCGAAGAggac > 4:260126/1‑146 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg < 4:49300/123‑1 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg > 3:49300/1‑123 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCCCACCCACAGGTACAGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCGGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTTAc > 2:379368/1‑149 (MQ=38) gttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCCCGCCCACAGGTAATGTGGAGTGGGTGGCGGGGGTGGTGACCCGGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCttgc > 6:243575/1‑145 (MQ=255) ttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCACGGGCACCCCCGCTCCCACAGGTAATGAGCAATGCGTGACGGCAGAGGTGACCCTGTGGGAGCGCGCGTGCCCCCGAACAGGCCAGACCt > 2:283171/1‑149 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc > 5:76222/1‑132 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc < 6:76222/132‑1 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTg < 6:187049/148‑1 (MQ=255) gtCGGGGGGCATTGTATTGTTTCCCGGGATGCTGGGGGGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTCCCCAGTCCGGCACGGCGGTGGTGCCCCTCGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTg < 1:33469/148‑1 (MQ=19) ggTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTaa > 3:295140/1‑149 (MQ=255) gTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt > 3:349961/1‑149 (MQ=255) ctttgttttgttTCCGTGTTTGCGGGGTTGCCTGGGGTG‑GCC‑TCTTCGCGGCCACGCCCGCTCCCACTGGTACTGTGCAGTGGGTGACGGCTGTGGTCACCCTGGGGGTGGGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAg < 2:7436/147‑1 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgtgt > 1:272422/1‑148 (MQ=255) tggtttCCTTGTTTTCTGGGTTGCGTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCGGTTCCCACTGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCGTGTGGGTGCGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 4:349961/146‑1 (MQ=255) cccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGGGCAGTGCGTGGCGGCTGTGGTGACCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtg > 6:142429/1‑149 (MQ=38) ccTGGATTGTGGGTGGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACTGGTACGGTGCAGGGCGTGCCGGGGGTGGTGCCCCTGGGGGAGCGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt < 3:190424/149‑1 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGGGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCGAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt > 2:14615/1‑149 (MQ=37) cTGGATGCTGGGTGGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCCGTGCGTGCCGGCTGGGGTGCCCCTGTGGTAGGGGGCGTGCCCGCTAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgtg < 5:243575/149‑1 (MQ=37) gtttCTGGGTTGCCTGGGAGG‑G‑CGTCTTCGCGGGCACCCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 6:405318/145‑1 (MQ=37) gATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTAGCGGGCACGCCCCCAACCACACGTACAGTTCAGTGCGTGACGGCGGTGGTGAACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCGTCAAATTCAAAGTGTGAGGCTCTGTggg > 4:42153/1‑148 (MQ=25) gggTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGc > 7:69457/1‑149 (MQ=255) ggTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCACGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCg < 1:283171/149‑1 (MQ=255) ttGCCTGGGCGG‑GCC‑TCTGCGCGGCCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCTGTGCGTGACGGCTGTGGTGCCCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGAc < 3:132120/149‑1 (MQ=37) cTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGt < 2:351571/50‑1 (MQ=14) tGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACCCCCCCACCCACAGGTACTGTGGAGTGCGTGACGGCGGTGGTGACCCGGTTGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCGGCCTGACCAGCGAATGGAAGGGGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGGGCCCGCa > 8:391405/1‑148 (MQ=25) | CCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCA > NC_002947/1419400‑1419687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |