| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 88.2% | 148.7 / 14.7 | 51 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/0); new base C (17/28); total (23/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAA‑CCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCG > NC_002947/1126497‑1126780 | cTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTAACCCCGAATGCGG‑AGGTTTAGCCACCATCG‑CAAT‑AGC‑GGG‑Taaa > 2:89790/1‑149 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAA‑cc > 1:4764/1‑149 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTTCCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATAG‑CAAT‑AGC‑GGG‑TAAA‑ccc > 4:73372/1‑148 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑GTTTCCCCCCGATGGGG‑CGGGTGAGCCACCAGCG‑CGTT‑AGC‑GGG‑GGAA‑ccc > 4:12995/1‑148 (MQ=255) ggggCCGATGCCGATCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAA‑cccgc > 1:1988/1‑146 (MQ=255) gggCCGATGCCGATCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTAACCGCGAATGCGG‑AGGGTTAGGCCCCAAGG‑CATT‑AGC‑GGG‑TAAA‑cccccg > 6:288594/1‑145 (MQ=255) ccgatgccgatCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCt < 5:288594/149‑1 (MQ=255) gatgccgatCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTac < 2:36274/149‑1 (MQ=255) 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ccAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTcc < 5:397656/147‑1 (MQ=255) ggTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTAACCGCCAATGAGG‑AGGTATAGCCACCCTAG‑CATTACCC‑GGT‑AAAA‑CCCCACCTACAC‑AGAGC‑CCCCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGa > 2:99163/1‑147 (MQ=255) gttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGct < 5:292916/148‑1 (MQ=255) ttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGT‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGctc < 7:121120/148‑1 (MQ=255) cATTGAGCCCTTTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTAAAGCCACAATCG‑AATT‑CGC‑GGT‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 8:319670/148‑1 (MQ=38) 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2:3581/122‑1 (MQ=255) cgGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGctct > 1:3581/1‑122 (MQ=255) g‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCCCCCCAGGTTGc > 7:196692/1‑149 (MQ=255) tttCCCCTCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑TGT‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGATC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGTCGGGGAGGTCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg < 5:370744/149‑1 (MQ=255) aCCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 3:132186/123‑1 (MQ=255) aCCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGAGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCACGAACGAc > 4:132186/1‑123 (MQ=38) ccGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGTGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGc > 2:291167/1‑149 (MQ=255) cgcgAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGACGcc > 2:260678/1‑149 (MQ=255) gAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGaa > 1:352782/1‑149 (MQ=255) cGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcg > 7:272455/1‑110 (MQ=255) cGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcg < 8:272455/110‑1 (MQ=255) gg‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGCACCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGt > 1:97434/1‑149 (MQ=255) gg‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt < 8:81597/149‑1 (MQ=255) gg‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAA‑AGAGC‑CCGCCAACCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACTGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCTCCGAACACGtt > 6:262816/1‑149 (MQ=255) gTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCg < 5:175683/149‑1 (MQ=255) ccaccaTCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCgg > 8:198217/1‑149 (MQ=255) ccaccaTCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGAACGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAACCgg > 6:19485/1‑149 (MQ=255) caccaTCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc < 7:274130/149‑1 (MQ=255) tCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGAcc > 1:70375/1‑149 (MQ=255) aTT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcg > 1:201019/1‑149 (MQ=255) | CTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACA‑GGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGG‑AGGTATAGCCACCATCG‑CATT‑CGC‑GGG‑TAAA‑CCGCTCCTACAC‑AGAGC‑CCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCG > NC_002947/1126497‑1126780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |