Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,948,140 | C→G | A112P (GCC→CCC) | rho ← | transcription termination factor Rho |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,948,140 | 0 | C | G | 95.7% | 144.7 / ‑2.4 | 46 | A112P (GCC→CCC) | rho | transcription termination factor Rho |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (17/27); minor base A (1/1); total (18/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 |
GACCGGTCAAGTCCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAG > NC_002947/5947996‑5948281 | gACCGGTCAAGTCCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAg > 2:126475/1‑149 (MQ=255) ccGGTCAAGTCCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTa < 6:243993/149‑1 (MQ=255) cGGTCAAGTCCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTaa < 8:298423/149‑1 (MQ=255) tCAAGTCCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGc < 8:325147/149‑1 (MQ=255) tCAAGTCCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGc > 4:357989/1‑149 (MQ=255) ggTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCccttc < 8:18316/147‑1 (MQ=255) gTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCccttcctt < 1:126475/149‑1 (MQ=255) gTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTACccttc > 6:228546/1‑146 (MQ=255) gTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTACccttc < 5:228546/146‑1 (MQ=255) gCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTg > 1:258052/1‑149 (MQ=255) ccGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGATCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAATTAACGCTCCCCTTCCTTCGGAgg > 6:191586/1‑149 (MQ=255) aCCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCgg < 7:316174/148‑1 (MQ=255) gCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCtt < 2:258052/149‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATg > 4:179750/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCcgacga < 3:368245/146‑1 (MQ=255) cAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCAGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATgg > 6:360970/1‑149 (MQ=255) ggCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATTGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGgtg < 5:191586/149‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGc < 3:179750/149‑1 (MQ=255) ttCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTGCTTCGGGGGGCGGGTCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGt > 2:264507/1‑149 (MQ=255) 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gTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACa > 7:148081/1‑148 (MQ=255) tcGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGata > 1:177160/1‑149 (MQ=255) tCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTg < 3:142149/148‑1 (MQ=255) ccGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTgg < 5:360970/148‑1 (MQ=255) gtgCGGGCGAAGTTGATTGTATCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTgt < 6:159637/144‑2 (MQ=255) 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tGGTATCGACCTTCAGCAGGGAGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCcgac < 6:334662/64‑1 (MQ=255) tCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATg > 2:218784/1‑63 (MQ=255) tCGACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATg < 1:218784/63‑1 (MQ=255) gACCTTCAGCAGGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTATGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGcc > 2:45473/1‑148 (MQ=255) agcagGGGGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTATGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAg < 1:45473/149‑1 (MQ=255) | GACCGGTCAAGTCCTCGGTGGAGCCGTTACCGGCCTCCATCTTCAGGCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAG > NC_002947/5947996‑5948281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |