| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,236,461 | Δ1 bp | 7.3% | intergenic (‑273/‑30) | glpF ← / → ybaK | aquaglyceroporin/Cys‑tRNAPro deacylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,236,461 | 0 | C | . | 7.3% | 170.5 / 7.5 | 55 | intergenic (‑273/‑30) | glpF/ybaK | aquaglyceroporin/Cys‑tRNAPro deacylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/26); new base . (2/2); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
TAGACAAGAAACGCTGATGTCAAAGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGAAAAGCTCGGGCTCGA > NC_002947/1236321‑1236609 | taGACAAGAAACGCTGATGTCAAAGGTCGAAAGTGAACGGTGAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAgtc < 2:83881/149‑1 (MQ=255) aCAAGAAACGCTGATGTCAAAGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAgtcgtc > 7:214588/1‑149 (MQ=255) aCAAGAAACGCTGATGTCAAAGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAgtcgtc < 2:39471/149‑1 (MQ=255) aaCGCTGATGTCAAAGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGAc < 1:143743/149‑1 (MQ=255) aaaGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCGGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTg > 8:293026/1‑148 (MQ=255) aaaGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTg > 8:17884/1‑148 (MQ=255) aaaGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTg < 8:209172/148‑1 (MQ=255) aaaGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTA‑‑‑GCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCAt > 2:101116/1‑148 (MQ=255) aaaGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTA‑‑‑GCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATg > 2:105862/1‑149 (MQ=255) gAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGAcac > 8:257056/1‑147 (MQ=255) aaaGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGAcccc > 3:263597/1‑149 (MQ=255) aaCGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGccc > 1:361767/1‑148 (MQ=255) aCGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTa < 4:95846/149‑1 (MQ=255) tcagtcaCGAAATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCCCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGAAGTGGCAATTCTCCTAAAGTAGCCGCCCAGTCGTCC‑CTGACTCGAGCCCTTGCATGACACCCGCCCTAGAcc > 1:368496/1‑149 (MQ=255) 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gAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑Ct > 3:53152/1‑94 (MQ=255) gAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑Ct < 4:53152/94‑1 (MQ=255) gAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAg < 6:204330/125‑1 (MQ=255) gAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAg > 5:204330/1‑125 (MQ=255) gAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTA‑‑‑GCCGAGTCGTCCTTTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGa < 1:105862/148‑1 (MQ=255) gAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTA‑‑‑GCCGAGTCGTCCTTTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGa < 1:101116/148‑1 (MQ=255) atgaGCTGCTGATGCCTGTACTAGACGCGCGGTATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGa < 8:214588/145‑1 (MQ=255) gctgctGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCa > 3:75707/1‑135 (MQ=255) gctgctGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCa < 4:75707/135‑1 (MQ=255) ctgctgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCg > 6:64593/1‑149 (MQ=255) tgctgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGAGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCgt > 7:244231/1‑149 (MQ=255) ctgATCCCTGTACTAGACGCGCGCTCTTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCgtg < 8:186889/148‑1 (MQ=255) ctgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCgtgt < 7:73927/149‑1 (MQ=255) ctgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCgtg < 7:17884/148‑1 (MQ=255) ctgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGGCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTTTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCgt < 4:220046/147‑1 (MQ=255) tgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGtgtg > 1:173348/1‑149 (MQ=255) tgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGtgtg > 5:42966/1‑149 (MQ=255) tgATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGtgtg > 5:316481/1‑149 (MQ=255) tCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGcac < 2:206351/149‑1 (MQ=255) cTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGt < 5:64593/149‑1 (MQ=255) tAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGAGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGaa < 8:244231/149‑1 (MQ=255) cgcgcgATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCGCCGTGCCGAGCATCGtgtg < 8:141879/131‑1 (MQ=255) cgcgcgATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCGCCGTGCCGAGCATCGtgtg > 7:141879/1‑131 (MQ=255) ttGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGt > 5:110294/1‑149 (MQ=255) cggtgcggtgGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCg < 4:263597/148‑1 (MQ=255) gATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTgg > 3:22218/1‑149 (MQ=255) tgtgGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAg < 6:316481/149‑1 (MQ=255) ggAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAggcgg > 8:148358/1‑149 (MQ=255) ccTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGaaaa < 8:77809/148‑1 (MQ=255) cTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGAAAAGc > 5:159522/1‑149 (MQ=255) cTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGACGAGCATCGAGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTAGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGGTCAGaa > 1:313083/1‑146 (MQ=255) tAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAACACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATg < 3:276240/127‑1 (MQ=255) tAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAACACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATg > 4:276240/1‑127 (MQ=255) gTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGAAAAGCTCggg < 6:42966/149‑1 (MQ=255) aGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGATCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTTTTGAAGAAGCACCGGGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGAAAAGCTCGGGc < 7:257056/148‑1 (MQ=255) cgccgAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGAAAAGCTCGGGCTCGa > 4:319786/1‑149 (MQ=255) cgccgAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCAAGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGAAAAGCTCGGGCTCGa < 7:293026/149‑1 (MQ=255) | TAGACAAGAAACGCTGATGTCAAAGGTCGAAAGTGAACGGTCAGTCACGATATGGTCGCTAGAATCAGCTGCTGATCCCTGTACTAGACGCGCGCGATTGCGGTGCGGTGGCTGGGATGTGGGAATTGTCCTAAAGTAGCCGCCGAGTCGTCC‑CTGACTGGAGCCCTTGCATGACCCCCGCCCTAGACCTGTTGAAGAAGCACCGTGCCGAGCATCGTGTGCACAGTTATGAACATGACCCGAAGTCGGCGTCGTATGGCCTGGAGGCGG‑CAGAAAAGCTCGGGCTCGA > NC_002947/1236321‑1236609 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |