| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,307,263:1 | +C | 5.3% | coding (367/1077 nt) | PP_2029 ← | von Willebrand factor type A domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,307,263 | 1 | . | C | 5.3% | 397.0 / 10.8 | 95 | coding (367/1077 nt) | PP_2029 | von Willebrand factor type A domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (46/44); new base C (2/3); total (48/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAGCG > NC_002947/2307115‑2307411 | ttGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAg > 8:61847/1‑149 (MQ=255)ttGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAg > 6:43594/1‑149 (MQ=255) gCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAg‑cg > 5:378472/1‑149 (MQ=255) 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cgcCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAggc > 7:65371/1‑149 (MQ=255) cgcCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAg < 1:371256/147‑1 (MQ=255) cgcCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTA‑GCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTCGACCTGGTCAAggcg < 4:36327/149‑1 (MQ=255) ccTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAggcgg < 8:15124/149‑1 (MQ=255) cTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAggcggc > 5:68060/1‑149 (MQ=255) 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7:113750/1‑149 (MQ=255) aCGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCCCGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGAAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCa > 1:303691/1‑149 (MQ=255) ggTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACt > 2:226363/1‑149 (MQ=255) tGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTg > 5:143753/1‑148 (MQ=255) cGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTc < 1:372568/149‑1 (MQ=255) cGGTCAAAGGTCAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTc > 4:165281/1‑149 (MQ=255) 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aaaGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCgggg > 7:27152/1‑148 (MQ=255) aaaGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCgggg > 7:60550/1‑148 (MQ=255) aaaGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCgggg < 8:113750/148‑1 (MQ=255) aaGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGaa < 5:322245/149‑1 (MQ=255) aGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAg < 5:43594/149‑1 (MQ=255) 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aCGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCg > 7:71204/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGt > 4:66167/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGt > 2:257105/1‑149 (MQ=255) cTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCg > 6:285190/1‑149 (MQ=255) ttGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGc < 8:60550/149‑1 (MQ=255) gCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGcc > 6:187196/1‑148 (MQ=255) gCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGc < 8:27152/147‑1 (MQ=255) gCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCACCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGcc > 6:90205/1‑148 (MQ=255) cAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGcc > 4:328517/1‑147 (MQ=255) ggAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGc > 6:297693/1‑149 (MQ=255) gAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGc > 5:30183/1‑148 (MQ=255) gTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCAtt > 7:272232/1‑149 (MQ=255) tCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTg > 6:290567/1‑149 (MQ=255) gCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGc < 3:66167/148‑1 (MQ=255) cccATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCgg > 1:77480/1‑149 (MQ=255) ccATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCAGTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTACACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCggg < 2:303691/149‑1 (MQ=255) cATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGc < 5:297693/149‑1 (MQ=255) tCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGa < 8:210454/149‑1 (MQ=255) aG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAg < 1:257105/148‑1 (MQ=255) g‑cgcCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAgcg > 6:69017/1‑149 (MQ=255) | TTGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCT‑CGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAGCG > NC_002947/2307115‑2307411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |