New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1843013 = | 50 (0.850) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 6.1% | coding (1781/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 1843050 = | 45 (0.810) | coding (1744/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
CCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCAGCTG > NC_002947/1842865‑1843155 | ccgcAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGtt < 2:287384/149‑1 (MQ=255) cgcAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTg > 7:337823/1‑149 (MQ=255) cgatggccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCg < 4:67476‑M1/6‑1 (MQ=255) cTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCgg < 3:296828/149‑1 (MQ=255) gCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCggg < 4:340070/147‑1 (MQ=255) gggTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGa > 1:153648/1‑148 (MQ=255) gggTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAc < 7:64273/149‑1 (MQ=255) ccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggt > 7:141891‑M1/138‑138 (MQ=255) ccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggt > 7:190830‑M1/138‑138 (MQ=255) ccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggt < 8:190830‑M1/1‑1 (MQ=255) ccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggt < 8:141891‑M1/1‑1 (MQ=255) cAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGt > 8:9149/1‑148 (MQ=255) tGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGAAAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTg > 7:233775/1‑149 (MQ=255) ggACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTg < 1:286422/148‑1 (MQ=255) aGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCAcc < 3:51504/149‑1 (MQ=255) aGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCAcc > 3:208932/1‑149 (MQ=255) cAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGa < 4:208932/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACcgc > 1:202941/1‑149 (MQ=255) accagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACcgc > 6:83307‑M1/109‑149 (MQ=255) aTGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACcgcg > 8:37959/1‑148 (MQ=255) tGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGaa < 3:364470/149‑1 (MQ=255) ttGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGaa < 2:153648/149‑1 (MQ=255) tGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAg > 2:224268/1‑149 (MQ=255) gggCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAg < 3:289241/148‑1 (MQ=255) ggTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAgg < 8:337823/149‑1 (MQ=255) cctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCg > 6:247776‑M1/90‑95 (MQ=255) cctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCg < 5:247776‑M1/6‑1 (MQ=255) gtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCa > 8:110518‑M1/83‑119 (MQ=255) gtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCa < 7:110518‑M1/37‑1 (MQ=255) gtACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCctggc > 6:156037/1‑149 (MQ=255) aaaGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCAATACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCCAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAAAGGTTACCCAGGATGCCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCctggctg > 6:359134/3‑149 (MQ=255) cAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCctggctgg < 7:9149/149‑1 (MQ=255) cTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCt > 8:348200/1‑149 (MQ=255) cTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCa > 5:342251/1‑149 (MQ=255) tCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCAc > 4:132247/1‑149 (MQ=255) ggtggtCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCAcc < 5:156037/148‑1 (MQ=255) aCTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTc < 3:132247/149‑1 (MQ=255) cGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGTGCGACAGGTTACCGAGGTTGGCACCGAGGACCGCGAACTCGAAGGGCTGGGCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTag < 5:359134/149‑1 (MQ=255) cGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACAGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTag > 2:289192/1‑149 (MQ=255) aTTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTaggag > 2:266001/1‑149 (MQ=255) aTTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTag > 7:9353/1‑146 (MQ=255) aTTGGCAGTCGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTag < 8:9353/146‑1 (MQ=255) cAGTTGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGaa < 7:1562/149‑1 (MQ=255) tGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCg > 1:330371/1‑135 (MQ=255) tGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCg > 1:334769/1‑135 (MQ=255) tGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCg < 2:330371/135‑1 (MQ=255) tGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCg < 2:334769/135‑1 (MQ=255) gTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAgg < 7:37959/148‑1 (MQ=255) tAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCt > 5:168705/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAgg < 1:184742/146‑1 (MQ=255) aaCGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAgg > 2:184742/1‑146 (MQ=255) gCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACg > 4:87541/1‑149 (MQ=255) tCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCt > 3:67476/1‑149 (MQ=255) gAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGa < 7:348200/149‑1 (MQ=255) atgatAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAg < 6:342251/148‑1 (MQ=255) atgatAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAg < 6:165714/148‑1 (MQ=255) atgatAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGt > 6:190682/1‑149 (MQ=255) tgatAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTc > 3:265163/1‑149 (MQ=255) gatAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCt > 4:165507/1‑149 (MQ=255) aaTGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTc > 8:253953/1‑148 (MQ=255) gCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCAGCt > 5:51588/1‑149 (MQ=255) cccAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCAGCTg < 1:289192/149‑1 (MQ=255) | CCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCAGCTG > NC_002947/1842865‑1843155 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |