| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 310472 = | 65 (1.100) | 6 (0.110) | 5/242 | NT | 9.0% | coding (1904/2346 nt) | PP_0256 | putative oxidoreductase |
| ? | NC_002947 | 310512 = | 61 (1.110) | coding (1864/2346 nt) | PP_0256 | putative oxidoreductase | |||||
ACTGATCGTGCGAGCGCATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGTCGGCCACCAGCCAGTGCCAGTCTACCGGTTGTTTGCCCAGCGTGG > NC_002947/310365‑310655 | aCTGATCGTGCGAGCGCATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTg > 5:137236/1‑149 (MQ=255) gtggccgactacgaccgcatccgcgacctgatcggcgacaccattcccggtttcagcggctttaaccagcgcctgcgtaatccgggcggcttctatctgggcaacaGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCt > 2:11317‑M1/107‑147 (MQ=255) gTGCGAGCGCATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGccc < 8:279505/148‑1 (MQ=255) gCGAGCGCATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGGTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGa < 1:114266/149‑1 (MQ=255) cGAGCGCATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGa < 6:163039/148‑1 (MQ=255) gAGCGCATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGAGCTGTTGCCCAGa > 1:301520/1‑147 (MQ=255) tgcgcATCGATTGCATGATCAAGTCTTGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGAAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAg < 3:13812/148‑1 (MQ=255) cgcATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGaa < 5:240410/149‑1 (MQ=255) cgcATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGaa < 3:138991/149‑1 (MQ=255) gcATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAg > 7:355848/1‑149 (MQ=255) aTCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAgcc > 2:305070/1‑149 (MQ=255) aTTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGccc > 7:51383/1‑149 (MQ=255) cATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGAt < 1:235550/149‑1 (MQ=255) aTGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGAt > 3:227397/1‑148 (MQ=255) tGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTa > 8:252037/1‑149 (MQ=255) gATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATACAAGCCGCCCGGATTAc > 1:109597/1‑149 (MQ=255) aGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAgg > 8:275014/1‑149 (MQ=255) tGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGccc < 6:184543/118‑1 (MQ=255) ggCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCg > 5:231135/1‑133 (MQ=255) ggCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCg < 6:231135/133‑1 (MQ=255) gCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCta < 8:51383/148‑2 (MQ=255) cAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCATCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGgcgc < 2:266222/145‑1 (MQ=255) cAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGgcgc > 1:266222/1‑145 (MQ=255) cTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTaa < 4:227397/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTaa < 8:355848/149‑1 (MQ=255) tGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTa > 3:272931/1‑147 (MQ=255) gCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTaaa < 5:248699/147‑1 (MQ=255) gCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAg < 3:167634/148‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGgcg > 5:228082/1‑136 (MQ=255) cGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGgcg < 6:228082/136‑1 (MQ=255) tGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCt > 8:320280/1‑148 (MQ=255) tGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCt > 8:325272/1‑148 (MQ=255) gTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCg > 5:308000/1‑149 (MQ=255) tACGCGTTCGTCAAGCAGCTTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCgg < 5:373236/149‑1 (MQ=255) gcgTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGaa > 6:183812/1‑149 (MQ=255) tCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAAt < 3:231154/143‑1 (MQ=255) tCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAAt > 4:231154/1‑143 (MQ=255) tCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTc > 1:136904/1‑149 (MQ=255) aaGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGc < 1:61023/149‑1 (MQ=255) 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gCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTa < 7:252037/149‑1 (MQ=255) cTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGt > 8:248634/1‑149 (MQ=255) ttGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTcgcg > 7:120793/1‑134 (MQ=255) ttGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTcgcg < 8:120793/134‑1 (MQ=255) ttGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGTCGGccac > 2:225671/1‑149 (MQ=255) 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ccgcgaatgggcgaccagcaccggccgcgcTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGTCGGCCACCAgccagtgccag < 1:11317‑M2/119‑1 (MQ=255) ggTCGCCAATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCACGGATTACGCAGGCCCGGGTAAAAGCCGCTGAAACCGGGAAAGGTGTCGCCGATCAGGACGCGGAGGCGGTCGTAGTCGGACACAAGCCAGTGCCAGTca > 2:331200/1‑147 (MQ=255) gTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGTCGGCCACCAGCCAGTGCCAGTCTAc < 2:56338/149‑1 (MQ=255) gCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGTCGGCCACCAGCCAGTGCCAGTCTACCg < 7:275014/148‑1 (MQ=255) gCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGTCGGCCACCAGCCAGTGCCAGTCTACCg < 6:143973/148‑1 (MQ=255) 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ACTGATCGTGCGAGCGCATCGATTGCATGATCAAGTCTGGCAACTGGCCGCTGGCGCGTACGCGTTCGTCAAGCAGCGTGTCGGGCAGCAGGTTGGCCTTGAAGTTGGCGCGGCCGGTGCTGGTCGCCCATTCGCGGC‑‑T‑GGCCGCGCTGTTGCCCAGATAGAAGCCGCCCGGATTACGCAGGCGCTGGTTAAAGCCGCTGAAACCGGGAATGGTGTCGCCGATCAGGTCGCGGATGCGGTCGTAGTCGGCCACCAGCCAGTGCCAGTCTACCGGTTGTTTGCCCAGCGTGG > NC_002947/310365‑310655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |