Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,772,083 | A→G | 7.5% | V2395A (GTC→GCC) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,772,083 | 0 | A | G | 7.5% | 146.9 / 3.0 | 53 | V2395A (GTC→GCC) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/26); new base G (2/2); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 |
CCGGGCGCCCCGCCACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCCTGCTGGCGCAGCCAGCC > NC_002947/4771937‑4772231 | ccGGGCGCCCCGCCACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGaca > 3:186042/1‑149 (MQ=255) gcCCCGCCACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGaaa > 8:351587/1‑149 (MQ=255) ccGCCACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACgg < 4:186042/149‑1 (MQ=255) gCCACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCt < 5:196531/149‑1 (MQ=255) ccACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTg < 8:339064/149‑1 (MQ=255) ccACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTg > 2:1078/1‑149 (MQ=255) cACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGt < 8:139215/149‑1 (MQ=255) aCCGTGGCGCCAAAGCTGACAATGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAAGAAGCTGGCGGCCTGCACCACGGTTTTGAGGGTGATGCGCTGTGATTGTGCGTAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTa < 5:9568/149‑1 (MQ=255) tGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAgg > 2:338600/1‑149 (MQ=255) cAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCtgg > 2:209594/1‑149 (MQ=255) cAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCt < 6:328839/147‑1 (MQ=255) cAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCt > 5:328839/1‑147 (MQ=255) aaGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCtggtg < 5:156903/149‑1 (MQ=255) aGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCtggtgg > 4:58980/1‑149 (MQ=255) gCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGc < 1:1078/149‑1 (MQ=255) acacTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGt < 3:148318/130‑1 (MQ=255) acacTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGt > 4:148318/1‑130 (MQ=255) cGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCg > 3:200854/1‑149 (MQ=255) ggCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAg < 3:58980/149‑1 (MQ=255) tGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCa > 7:77914/1‑149 (MQ=255) agcagcAACAACCAGGCGCCTTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATc < 4:255735/149‑1 (MQ=255) agcagcAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATc < 4:200854/149‑1 (MQ=255) cagcaACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCgg > 8:241874/1‑149 (MQ=255) caacaaCCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCa < 8:68886/149‑1 (MQ=255) aacaacCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCag < 3:289304/149‑1 (MQ=255) acaacCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCagg > 3:303993/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCaggtagg > 5:232049/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGGCACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCtggtgg < 8:134572/105‑1 (MQ=255) cAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGGCACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCtggtgg > 7:134572/1‑105 (MQ=255) cAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCaggtaggt < 4:303993/149‑1 (MQ=255) cgcCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGc < 7:351587/149‑1 (MQ=255) cTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCag < 4:56718/135‑1 (MQ=255) cTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCag > 3:56718/1‑135 (MQ=255) ccacGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCagg < 2:252152/131‑1 (MQ=255) ccacGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCagg > 1:252152/1‑131 (MQ=255) ggTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAgctgct < 7:241874/149‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAgctgct > 3:121042/1‑149 (MQ=255) gATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGGCACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCTCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGc < 5:259495/138‑1 (MQ=255) gATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGGCACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGATGGc > 6:259495/1‑138 (MQ=255) cgcTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCa < 6:232049/149‑1 (MQ=255) gcTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTc > 8:326653/1‑146 (MQ=255) gggATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAAc < 7:131660/149‑1 (MQ=255) ggATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGaa < 1:338600/147‑1 (MQ=255) aTTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGtt > 7:282730/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCtgt > 7:207816/1‑149 (MQ=255) aGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTgg < 4:121042/149‑1 (MQ=255) ttGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGcgcg > 8:277144/1‑148 (MQ=255) ttGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGcgcg > 4:354017/1‑148 (MQ=255) ttGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGCTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGcgcg > 6:274596/1‑148 (MQ=255) gTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGTCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCctg > 4:77641/1‑149 (MQ=255) tctcGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCctgc < 7:277144/149‑1 (MQ=255) tctcGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCctgc < 3:354017/149‑1 (MQ=255) ggTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCctgctg < 1:129156/147‑1 (MQ=255) ggTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCCTGCTGgc > 5:154725/1‑149 (MQ=255) acacTGAAACGGCTGTATAGTGCCTGGTTGCCGCTGCCGCGCTCACCGATGGCGAAGGCATCTGCCAGGTAGGTCGTCTGCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTGCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCCTGCTGGCTgcgccagca < 8:77914/149‑2 (MQ=255) | CCGGGCGCCCCGCCACCGTGGCGCCAAAGCTGACACTGCGCTGGCCGCTGTAGCGGCTGAGCAGCAACAACCAGGCGCCCTGCACCACGGTGTTGAGGGTGATGCGCTGGGATTGTGCGAAGGCCTTGAACGTCTCGGTCTGCGCGACACTGAAACGGCTGTAGAGGGCCTGGTGGCCGCTGCCGCGCTCACCGCTGGCGAAGGCATCGGCCAGGTAGGTCGGCTCCTGCAGGCTGGCCAGCTGCTGCTTCCAGAACGTTTCGCTGTGGCGCGGATCCTGCTGGCGCAGCCAGCC > NC_002947/4771937‑4772231 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |