Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,848,790 | A→G | 10.0% | Q30Q (CAA→CAG) | hemN → | oxygen‑independent coproporphyrinogen III dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,848,790 | 0 | A | G | 10.0% | 131.5 / 4.3 | 50 | Q30Q (CAA→CAG) | hemN | oxygen‑independent coproporphyrinogen III dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/22); new base G (2/3); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
CAGACGGCCATAGACTCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAGGTCATCACCAAAGAC > NC_002947/4848650‑4848937 | cAGACGGCCATAGACTCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGcaca < 7:189377/148‑1 (MQ=255) gCCATAGACTCCGGTGCACTGCTGCTGTTTCCGGGGACTACCCTGATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCTGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGt < 7:89154/149‑1 (MQ=255) gCCATAGACTCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGt < 3:202106/149‑1 (MQ=255) cATAGACTCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTgg < 4:330835/149‑1 (MQ=255) aTAGACTCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCACGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGACCTGCAACTGCACAGCGAGGTggg > 5:242952/1‑149 (MQ=255) tAGACTCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCACCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCACCTCGCTGTGCAGTTGCACGGCggttgggt < 7:326080/149‑8 (MQ=38) tCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGCCTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTGGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGAGCTCCCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCACC‑CGACGTGCAAGTGCACAGCGAGGTGggttggtt > 8:334949/1‑149 (MQ=255) tCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGgttcgtt > 3:199924/1‑149 (MQ=255) aCTGCTTCTCTTTCCGTTGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGc < 4:288101/149‑1 (MQ=255) ctctTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACg < 8:257629/148‑1 (MQ=255) gtcTACCCTGATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCTCGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCgaga < 6:242952/147‑1 (MQ=255) cTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGc < 1:64165/149‑1 (MQ=255) cTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGc < 1:322983/149‑1 (MQ=255) cccTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGa > 1:231186/1‑149 (MQ=255) ccTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGAc > 6:76872/1‑149 (MQ=255) tCGACGACCTCCGTTGGGAAACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGGTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTg > 7:256578/1‑149 (MQ=255) gacCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGccc < 2:231186/149‑1 (MQ=255) acCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCcg > 2:156611/1‑149 (MQ=255) gATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCATGCGCTAGAGCCGACGGGCCGTCCGCCCGCTGTCGCTGTa > 2:274495/1‑149 (MQ=255) tACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTAc < 4:199924/148‑1 (MQ=255) ccTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCAtg > 1:105412/1‑149 (MQ=255) gATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTAc < 7:29294/139‑1 (MQ=255) gATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTAc < 7:23706/139‑1 (MQ=255) gATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTAc > 8:29294/1‑139 (MQ=255) gATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTAc > 8:23706/1‑139 (MQ=255) gATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGc > 5:142451/1‑149 (MQ=255) aTCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGcc < 5:76872/149‑1 (MQ=255) gCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAAc < 1:156611/144‑1 (MQ=255) gCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCt < 2:105412/148‑1 (MQ=255) gCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTg > 1:82472/1‑149 (MQ=255) ccGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGc < 2:74233/149‑1 (MQ=255) cACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCtactac > 7:131050/1‑149 (MQ=255) cACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCtactac > 6:272490/1‑149 (MQ=255) acacCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGcc > 8:184274/1‑149 (MQ=255) cacCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCt > 4:171113/1‑149 (MQ=255) ctctTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGc > 4:25461/1‑148 (MQ=255) ctctTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGc > 4:312025/1‑148 (MQ=255) tctTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGcaa > 8:288050/1‑149 (MQ=255) tACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGcaac > 4:245816/1‑147 (MQ=255) cccAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGc < 2:130955/127‑1 (MQ=255) cccAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGc > 1:130955/1‑127 (MQ=255) cccAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAgg < 3:171113/149‑1 (MQ=255) acctcgctgTGCAGTTGCACGGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGc < 3:122158/121‑1 (MQ=255) acctcgctgTGCAGTTGCACGGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGc > 4:122158/5‑125 (MQ=255) aaC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAGGtca > 5:35042/1‑149 (MQ=255) aC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAGGtcat < 3:312025/149‑1 (MQ=255) aC‑CGACGTGCAAGTGCACTGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGGCGACGGGACGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAGGtcat < 1:274495/149‑1 (MQ=255) tcgctgTGCAGTTGCACGGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGGAtgtg > 1:301665/2‑101 (MQ=255) tcgctgTGCAGTTGCACGGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCAtgtg < 2:301665/100‑1 (MQ=255) cAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAGGTCATCACCAAAGa < 2:82472/149‑1 (MQ=255) aaCTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAGGTCATCACCAAAGAc > 2:189768/1‑149 (MQ=255) | CAGACGGCCATAGACTCCGGTGCACTGCTGCTCTTTCCGGGGACTACCCTCATGCTCGACGACCTCCGTTGGGATACCGACCTGATCCGCCGCTACGATCTCGCCGGGCCACGCTACACCTCTTACCCAAC‑CGCCGTGCAACTGCACAGCGAGGTGGGTTCGTTCGACCTGCTCAACGCCCTGCGCGAGAGCCGACGGGCCGTGCGCCCGCTGTCGCTGTACGTGCATGTGCCGTTCTGCGCCAACATCTGCTACTACTGCGCCTGCAACAAGGTCATCACCAAAGAC > NC_002947/4848650‑4848937 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |