| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,949,779 | T→C | 6.5% | N189D (AAC→GAC) | fliM ← | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,949,779 | 0 | T | C | 6.5% | 179.1 / 2.3 | 62 | N189D (AAC→GAC) | fliM | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/26); new base C (2/2); total (34/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCCTTCGATC > NC_002947/4949631‑4949927 | tcCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGtt < 3:160915/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTg > 3:339086/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTgg > 3:118214/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTg < 8:156352/148‑1 (MQ=255) ggTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGcc < 2:106712/149‑1 (MQ=255) cGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATgg < 4:113942/149‑1 (MQ=255) gACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGccccagc < 2:12016/149‑6 (MQ=255) tGGAAACCGGCATCGAGAATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGATTACGGCATGGTCAAGTGCAGATCGACGCCGCCACCGTCCAGTTAGATGTGGAAGGTGGACAACACCACCGATTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATggactg > 4:328036/1‑145 (MQ=255) 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cGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGAAGATCTCCGACGACACCGTCCAGTTCTATGTGGAAGGTGGACAACACCACCGCATCGCTGGCGCCGACAATTTTGGCCATCGCCGGGTTGAc > 4:311150/1‑148 (MQ=255) gAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGccccag < 1:163355/131‑5 (MQ=255) gAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGccccag > 2:163355/1‑127 (MQ=255) aCCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGTAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGTGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGaa < 3:328036/149‑1 (MQ=255) aCCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCg > 1:362533/1‑147 (MQ=255) gCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAg < 1:164580/131‑1 (MQ=255) 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aGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAg < 1:28426/149‑1 (MQ=255) aGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAg < 4:90727/149‑1 (MQ=255) aTCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTAGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGt > 5:102846/1‑149 (MQ=255) ccgccgccACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTcgac < 6:33412/149‑1 (MQ=255) cgccACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCTGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGaaa < 6:218454/149‑1 (MQ=255) cACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAacac > 7:185862/1‑149 (MQ=255) ccGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTg < 3:311150/149‑1 (MQ=255) ccGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTg < 2:362533/149‑1 (MQ=255) tCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTcga < 7:67081/136‑1 (MQ=255) tCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTcga > 8:67081/1‑136 (MQ=255) tCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTc > 3:314029/1‑149 (MQ=255) tCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTc > 4:2507/1‑149 (MQ=255) gTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAg > 8:180931/1‑148 (MQ=255) ttCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCa > 6:182826/1‑149 (MQ=255) tgGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATgcg < 1:35263/149‑1 (MQ=255) ggAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATgcgc > 5:243823/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCa < 4:63321/140‑1 (MQ=255) gAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCa > 3:63321/1‑140 (MQ=255) gAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCAt < 1:293749/144‑1 (MQ=255) gAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCAt > 2:293749/1‑144 (MQ=255) gAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGca > 8:131310/1‑149 (MQ=255) aGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGcac > 6:95310/1‑148 (MQ=255) ggACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCacac > 7:202226/1‑149 (MQ=255) accaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAg > 7:82604/1‑149 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATgc < 5:20838/134‑1 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATgc > 6:20838/1‑134 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt < 3:355516/149‑1 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt > 4:355516/1‑149 (MQ=255) caccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtcgg > 3:258278/1‑149 (MQ=255) cTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTAATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCggg < 8:185862/149‑1 (MQ=255) ggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCa > 5:287522/1‑149 (MQ=255) gACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGcc > 2:335160/1‑149 (MQ=255) aaTGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCCtt < 6:243823/149‑1 (MQ=255) tGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGGGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCCTTCGATc > 7:254683/1‑149 (MQ=255) | TCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCCTTCGATC > NC_002947/4949631‑4949927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |