| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,182,072 | A→C | 15.0% | intergenic (‑130/+24) | PP_4560 ← / ← csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,182,072 | 0 | A | C | 15.0% | 102.6 / 14.2 | 53 | intergenic (‑130/+24) | PP_4560/csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/18); new base C (4/4); total (31/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
GGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGTT > NC_002947/5181927‑5182217 | ggTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGcgaa < 6:304728/149‑1 (MQ=255)ggTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGcgaa < 6:245282/149‑1 (MQ=255) gTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGcgaag < 3:181697/149‑1 (MQ=255) gggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGc > 1:169198/1‑149 (MQ=255) ggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGGCGCTTGAGCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTTTGTGAAGAATTTGCTTACGATTAAGTGCGG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGcc < 1:106962/149‑1 (MQ=255) ggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGcgaa < 3:73632/143‑1 (MQ=255) ggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGcgaa > 4:73632/1‑143 (MQ=255) ggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGCGAAGAGGcc < 2:222705/149‑1 (MQ=255) aTCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAagag < 2:8180/141‑1 (MQ=255) aTCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAagag > 1:8180/1‑141 (MQ=255) ccTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGcgaaga > 4:200042/1‑128 (MQ=255) ccTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGcgaaga < 3:200042/128‑1 (MQ=255) cGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGc > 6:178766/1‑148 (MQ=255) acaGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCtt > 3:242489/1‑148 (MQ=255) acaGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTc < 1:275094/149‑1 (MQ=255) caGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTca < 4:315089/149‑1 (MQ=255) aGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTca > 4:363644/1‑148 (MQ=255) cAAGTCTAATCGACCGGCCCCGAGCTGTGCTGCCCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTCCTAACTAATACGGGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑GCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAtt < 7:24582/149‑1 (MQ=255) tAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGAc > 4:114557/1‑149 (MQ=255) 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cGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGcgcct > 1:286360/1‑149 (MQ=255) tgctgcTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCttt > 1:324926/1‑149 (MQ=255) ctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGa < 3:114557/149‑1 (MQ=255) cccGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTcc > 3:369280/1‑149 (MQ=255) ccGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCt > 7:143632/1‑149 (MQ=255) tGGTTTAAGATTTTGCTTACGAATATGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgcctt < 8:78640/149‑1 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCGCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCGTCCCATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcctt > 3:29022/1‑149 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGa > 2:240247/1‑110 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcctt > 4:309440/1‑149 (MQ=255) caataaTTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGa < 1:240247/106‑1 (MQ=255) aagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTc > 1:344377/1‑149 (MQ=255) gaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg > 3:349356/1‑149 (MQ=255) ttttGCTTAGGAATAAGTGCGG‑GCCTCTTCGCGGTT‑TCACCCGATATGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGc < 2:324926/147‑1 (MQ=255) aCGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCt < 4:242489/148‑1 (MQ=255) gAATACGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCACCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg < 2:193113/137‑1 (MQ=255) gAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGTGTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCACCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg > 1:193113/1‑138 (MQ=255) atcaGTGCCG‑GCCGCTTCGCGGGG‑TCACCCGATATGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc < 4:29022/145‑1 (MQ=255) tGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGt < 2:286360/148‑1 (MQ=255) gCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg < 3:309440/149‑1 (MQ=255) ccG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTccg > 5:325316/1‑147 (MQ=255) gCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg < 7:165028/145‑1 (MQ=255) gCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg > 8:165028/1‑145 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCa > 7:39564/1‑149 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCCCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCACCTTTTCGTTGACGGTc > 2:78026/1‑148 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCAc > 6:219327/1‑149 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGT‑CCACCCGATAATAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCAc < 2:344377/149‑1 (MQ=255) ctctTCTCGGGT‑GAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCAcc > 5:187200/1‑149 (MQ=255) ctctTCTCGGGT‑GAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGAACCTTTTCGTTGTAGGTCAcc > 5:37711/1‑149 (MQ=255) ctTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCtt > 7:14262/1‑149 (MQ=255) ttCTCGGGT‑GAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc < 7:146037/133‑1 (MQ=255) ttCTCGGGT‑GAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc > 8:146037/1‑133 (MQ=255) cgcgGGT‑TCACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGcc < 4:349356/149‑1 (MQ=255) gT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAacac > 4:107495/1‑149 (MQ=255) t‑tCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACAcc < 2:105775/149‑1 (MQ=255) ccGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACCCCCTGtt > 5:204734/1‑149 (MQ=255) | GGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCG‑GCCTCTTCGCGGGT‑TCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGTT > NC_002947/5181927‑5182217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |