| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,273,066 | C→T | 7.5% | S71S (AGC→AGT) | rlmG → | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,273,066 | 0 | C | T | 7.5% | 153.6 / 2.2 | 53 | S71S (AGC→AGT) | rlmG | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/20); new base T (2/2); total (31/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
CCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCGGGTGCTGGTGCGTGTGCCCAAGACCCTG > NC_002947/5272920‑5273213 | ccGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTcagcag > 4:310810/1‑149 (MQ=255) aGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTTCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGAc < 3:288594/149‑1 (MQ=255) aGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGAc > 3:357440/1‑149 (MQ=255) cGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCACTGACAGCTTCGGTGCCCAGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCAcc > 7:352198/1‑149 (MQ=255) tGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGg > 3:72635‑M2/1‑148 (MQ=255) ccgccgACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGgg > 3:310810‑M2/1‑146 (MQ=255) cgacgaGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGgggcacc > 5:147948‑M2/1‑142 (MQ=255) gacgaGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCt < 2:159346/149‑1 (MQ=255) ccTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTg > 8:3452/1‑148 (MQ=255) cTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTg < 8:183462/141‑1 (MQ=255) cTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTg > 7:183462/1‑141 (MQ=255) cTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTgg > 7:233745/1‑148 (MQ=255) cTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCGCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTgg > 6:259728/1‑148 (MQ=255) aGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTg < 8:233745/149‑1 (MQ=255) cacGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGgcgcg > 3:57842/1‑149 (MQ=255) acGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGTAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGgcgcg > 4:345185/1‑148 (MQ=255) acGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGTAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGgcgcg > 4:350503/1‑148 (MQ=255) acGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGgcgcg > 8:192040/1‑148 (MQ=255) tCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAAt < 4:57842/148‑1 (MQ=255) tCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATg < 7:192040/149‑1 (MQ=255) ggCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGcc > 1:307697/1‑149 (MQ=255) cccGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTTGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGcc < 1:91023/149‑1 (MQ=255) ccGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCg > 8:79127/1‑149 (MQ=255) ccGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCg > 2:342014/1‑149 (MQ=255) ccGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCg > 2:226935/1‑149 (MQ=255) aaCTGGTGGTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTc < 2:287274/148‑1 (MQ=255) aaTGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAg > 2:189219/1‑149 (MQ=255) tGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGc > 5:368237/1‑148 (MQ=255) aGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGACAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAaca > 7:162755/1‑149 (MQ=255) cTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACACGCACCTGgggcaccgaagctgtcattgagcaccagtacccggcaattgccgtcgggtgcctgatcgtgtacctgcgcaagcaggtagtc < 8:130664‑M2/149‑83 (MQ=255) ttCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGgggcaccgaagctgtcattgagcaccagtacccggcaattggcgtcgggtgcctgatcgtgtagctgcgcaagcaggtactcg < 3:213039‑M2/149‑84 (MQ=255) tCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTgg > 3:84710/1‑149 (MQ=255) cGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAg < 7:29653/85‑1 (MQ=255) cGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAg > 8:29653/1‑85 (MQ=255) ggTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGTAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGc < 3:345185/148‑1 (MQ=255) ggTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGTAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGc < 3:350503/148‑1 (MQ=255) ggCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGACCCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGt < 4:357440/149‑1 (MQ=255) gCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGGGACTCGCACCTGGGTCACCTTGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCATTGGCCTGCCGTTCGACTGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGTACACTGGCAAGGCCCGt < 8:352198/148‑1 (MQ=255) cGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTAc > 7:5394/1‑119 (MQ=255) cGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTAc < 8:5394/119‑1 (MQ=255) gCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGgggcaccgaagctgtcattgagcaccagtacccggcaattggcgtcgggtgcctgatcgtgtagctgcgcaagcaggtactcgtcggcggcatcgaag > 4:213039‑M2/1‑51 (MQ=255) aaGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑cc > 6:353682/1‑149 (MQ=255) gCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCgg < 7:3452/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCgg < 4:84710/149‑1 (MQ=255) ccTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCggg < 7:158998/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCa < 6:73782/117‑1 (MQ=255) ttGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCa > 5:73782/1‑117 (MQ=255) aGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCgg > 4:45908/1‑110 (MQ=255) aGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCgg < 3:45908/110‑1 (MQ=255) cAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCGGGTGCTGGTGCg > 5:353573/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCGGGTGCTGGTGCgtgt > 4:244972/1‑149 (MQ=255) cAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGcc > 6:353584/1‑74 (MQ=255) cAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGcc < 5:353584/74‑1 (MQ=255) gtggtCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGCACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCGGGTGCTGGTGCGTGTGccc > 7:99201/1‑147 (MQ=255) gcagcGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCGGGTGCTGGTGCGTGTGCCCAAGACCCTg < 7:79127/149‑1 (MQ=255) cagcGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCCGGGTGCTGGTGCGTGTGCCCAAGACCCTg < 1:226935/149‑1 (MQ=255) | CCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCCGCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGA‑CCGGGTGCTGGTGCGTGTGCCCAAGACCCTG > NC_002947/5272920‑5273213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |