Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,452,637 | G→A | 7.4% | A390T (GCC→ACC) | lnt → | apolipoprotein N‑acyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,452,637 | 0 | G | A | 7.4% | 158.9 / 2.1 | 55 | A390T (GCC→ACC) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/26); new base A (2/2); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.25e-01 |
GCTGCAAGACGTGCTGCGTGGGGCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGGATGATCCGCGCCAC > NC_002947/5452489‑5452779 | gCTGCAAGACGTGCTGCGTGGGGCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTcg > 6:277537/1‑149 (MQ=255) cAAGACGTGCTGCGTGGGGCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTcgcc < 5:32116/147‑1 (MQ=255) cAAGACGTGCTGCGTGGGGCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCAGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTcgccgc > 3:50817/1‑149 (MQ=255) tgctgcGTGGGGCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTg < 7:238741/149‑1 (MQ=255) gctgcGTGGGGCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTgg > 2:256214/1‑149 (MQ=255) ggggCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGcgcg > 4:218712/1‑149 (MQ=255) gCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAg < 4:295622/149‑1 (MQ=255) cATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGc > 1:229958/1‑148 (MQ=255) tCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGAc < 6:120312/149‑1 (MQ=255) cGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGTCTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGAc < 4:50817/148‑1 (MQ=255) gAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACct > 2:113440/1‑149 (MQ=255) aGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACctg > 4:170227/1‑149 (MQ=255) ttcttcAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAg > 6:136376/1‑140 (MQ=255) ttcttcAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAg < 5:136376/140‑1 (MQ=255) ttcAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACctgctgct > 4:67697/1‑149 (MQ=255) ttcAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATATGCTACGAGGAGGTCTACCCCGAGTACCCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACcagctgct > 7:143638/1‑149 (MQ=255) cAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACctgctgctg < 2:229958/148‑1 (MQ=255) cccATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCa < 8:117657/148‑1 (MQ=255) ccATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAg > 7:338694/1‑148 (MQ=255) cGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGac < 1:113440/148‑1 (MQ=255) ttCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTg > 4:87943/1‑149 (MQ=255) ttCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCACCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTg > 2:31753/1‑149 (MQ=255) cGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTgg < 5:277537/148‑1 (MQ=255) gCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGtt < 2:195807/149‑1 (MQ=255) cccGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTc < 3:170227/149‑1 (MQ=255) cccGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTc < 8:338694/149‑1 (MQ=255) ggAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAatcga < 3:218712/149‑1 (MQ=255) aCCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGc < 7:219863/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGc < 3:87943/148‑1 (MQ=255) cAGCCGCTCCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCAGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTAGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTTCTGCTGAGCATAAGAAACGACACCTTGTTCGGCAAATCCATCGGcac > 8:347021/1‑147 (MQ=255) ctgctgCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTg > 2:159935/1‑147 (MQ=255) ctgcAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTgcagca > 1:164603/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCa < 2:164603/149‑1 (MQ=255) gCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCa > 5:361739/1‑149 (MQ=255) gCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCACCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGgcg > 4:328193/1‑149 (MQ=255) ccAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCACCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCa < 3:328193/147‑1 (MQ=255) ccccTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATgcgcgc < 1:159935/148‑1 (MQ=255) cATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTTGTTCGGCAAATGGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAg > 7:197914/1‑149 (MQ=255) cATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAg < 3:67697/149‑1 (MQ=255) cATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCACCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGaa < 1:31753/148‑1 (MQ=255) aTCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCTCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCa < 7:265456/131‑1 (MQ=255) aTCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTTGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAgc < 7:347021/149‑1 (MQ=255) aTCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCa > 8:265456/1‑131 (MQ=255) tGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAgccg > 1:181137/1‑148 (MQ=255) cTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATgg < 5:67942/122‑1 (MQ=255) cTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATgg > 6:67942/1‑122 (MQ=255) cTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAgccg < 1:256214/146‑1 (MQ=255) cTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAgccg < 6:361739/146‑1 (MQ=255) cTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAgccg < 2:181137/146‑1 (MQ=255) tACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAgccggccg > 2:261661/1‑149 (MQ=255) ggtggtCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGga > 4:93250/1‑149 (MQ=255) tCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGGATGATc > 6:157373/1‑149 (MQ=255) ccccGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGGGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGGATGATCcgcg > 5:318147/1‑149 (MQ=255) cccGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGga < 3:327119/139‑1 (MQ=255) cccGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGGATGATCCgcgc > 1:69221/1‑149 (MQ=255) cccGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGGATGATCCgcgc > 4:47276/1‑149 (MQ=255) cccGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCCCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGga > 4:327119/1‑139 (MQ=255) gAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGGATGATCCGCGccac < 6:318147/149‑1 (MQ=255) | GCTGCAAGACGTGCTGCGTGGGGCCATCGAGTTCTTCAACCTGCCCATGTCCGACTTCGCCCGCGGTCCGGAAGACCAGCCGCTGCTGCAGGCCAAGGGCTACCAGATTGCCCCTTACATCTGCTACGAGGTGGTCTACCCCGAGTTCGCCGCCGGCCTGGCTGCGCGTAGCGACCTGCTGCTGACCATCAGCAACGACACCTGGTTCGGCAAATCGATCGGCCCCTTGCAGCACCTGCAGATGGCGCAGATGCGCGCGCTGGAAGCCGGCCGCTGGATGATCCGCGCCAC > NC_002947/5452489‑5452779 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |