| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,469,260 | A→G | 6.8% | F246F (TTT→TTC) | mrdB ← | murein transpeptidase factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,469,260 | 0 | A | G | 6.8% | 171.5 / 2.4 | 59 | F246F (TTT→TTC) | mrdB | murein transpeptidase factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/27); new base G (2/2); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
ATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACGAAGAACCACATTGCCACCGCGACTGGCA > NC_002947/5469120‑5469408 | aTCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACAcccc < 4:138268/149‑1 (MQ=255) gcagcagGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACcccgccc > 1:189877/1‑149 (MQ=255) gcagGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAg < 3:291999/149‑1 (MQ=255) gTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCTGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGa > 8:340556/1‑149 (MQ=255) gACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATcg < 2:241160/149‑1 (MQ=255) tCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGc < 6:192575/138‑1 (MQ=255) tCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGc > 5:192575/1‑138 (MQ=255) tCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCgccgcc > 1:354049/1‑149 (MQ=255) agcagcagGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCGAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCtt > 7:216628/1‑149 (MQ=255) agcagcagGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCGAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCtt > 7:222306/1‑149 (MQ=255) agcagcagGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCtt > 4:315495/1‑149 (MQ=255) cTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTc > 5:233103/1‑149 (MQ=255) ggCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCg > 5:269250/1‑149 (MQ=255) gCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACTCCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCg < 8:314158/148‑1 (MQ=255) gCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCgg > 2:40036/1‑149 (MQ=255) gAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGTTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCGAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGc < 8:222306/149‑1 (MQ=255) gAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCGAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGc < 8:216628/149‑1 (MQ=255) cTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTAGGACTGGAGGAAGTTCCACCCGGTCCCCAACg > 6:261138/1‑149 (MQ=255) tCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACCCCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACgg > 3:16407/1‑149 (MQ=255) 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gaAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAgg > 1:219047/1‑148 (MQ=255) gaAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGACTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAgg > 1:89457/1‑148 (MQ=255) gTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAgg > 1:367959/1‑149 (MQ=255) tCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGt > 3:131141/1‑149 (MQ=255) tCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGt < 5:340797/149‑1 (MQ=255) tCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGt < 4:131141/149‑1 (MQ=255) ggTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGCGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCa < 6:81710/149‑1 (MQ=255) tgGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCtt < 7:322862/86‑1 (MQ=255) tgGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCtt > 8:322862/1‑86 (MQ=255) gCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATAccc > 3:14217/1‑149 (MQ=255) gCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATAccc < 1:40036/149‑1 (MQ=255) ttCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGt > 5:145792/1‑128 (MQ=255) ttCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGt < 6:145792/128‑1 (MQ=255) cGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATAccc < 2:113906/143‑1 (MQ=255) cGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATAccc > 1:113906/1‑143 (MQ=255) ggCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGga < 2:130264/85‑1 (MQ=255) ggCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGga > 1:130264/1‑85 (MQ=255) gCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACCCCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGAGCCCAACGGGTCGCTGTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTc > 5:260272/1‑149 (MQ=255) aaaaaGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTg < 5:100927/149‑1 (MQ=255) aaaaaGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTg > 6:100927/1‑149 (MQ=255) aaaaGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCACTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTgg < 5:261138/149‑1 (MQ=255) aaaGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGt < 3:315495/149‑1 (MQ=255) tCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGTATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTc > 1:117781/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTc > 2:330577/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGTATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGt < 2:117781/149‑1 (MQ=255) cGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACgaa < 2:219047/147‑1 (MQ=255) cAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGc < 2:273042/134‑1 (MQ=255) cAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGc > 1:273042/1‑134 (MQ=255) gcagcCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACGAAGAACCACAtt < 8:274128/149‑1 (MQ=255) gccagccTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACGAAGAACCACATTGcc < 6:233103/149‑1 (MQ=255) cagccTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGa < 4:276411/91‑1 (MQ=255) cagccTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGa > 3:276411/1‑91 (MQ=255) tGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGCTCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACGAAGAACCACATTGCCACCGCGa < 4:16407/147‑1 (MQ=255) ccAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGAc < 6:172537/122‑1 (MQ=255) ccAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGAc > 5:172537/1‑122 (MQ=255) aaaCACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACGAAGAACCACATTGCCACCGCGACTGGCa > 4:234814/1‑149 (MQ=255) aaaCACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACGAAGAACCACATTGCCACCGCGACTGGCa > 7:317178/1‑149 (MQ=255) | ATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCGCTTTCAGGGTCGAGGAAGGTCAATACCCGCTGCTTCTGGTAGTCGTGCATGACGAAGAACCACATTGCCACCGCGACTGGCA > NC_002947/5469120‑5469408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |