| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,518,734 | T→A | 7.9% | K59N (AAA→AAT) ‡ | PP_4851 ← | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,518,734 | 0 | T | A | 7.9% | 178.9 / 5.3 | 74 | K59N (AAA→AAT) ‡ | PP_4851 | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/34); new base A (3/3); total (36/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
CTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAG > NC_002947/5518599‑5518881 | cttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGTGTTTGGGGCAGATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTAATctc > 4:16980/1‑147 (MQ=255)cttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCAAAGCGTTCAt < 4:134706/146‑1 (MQ=255)cttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCATTGGA‑GGTGGCGTCAAGATAGCAGGACGGGATTTTTTGTTACTCGTTTTGGGTATAATCCATT‑TTAAGGCAGGTGCTCATGAAAGCTTAGAGTTCATCGc > 2:53837/1‑149 (MQ=255) ttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTATTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGTGGAACATCCATT‑TTAAGGCAGCTGCTCATTAACGCATTTCGTTCATCGcc > 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ttttttCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTgg < 3:270069/149‑1 (MQ=255) ttttttCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTACTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTgg > 8:143008/1‑149 (MQ=255) ttttttCTTGCTGGGGTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTgg < 7:349015/149‑1 (MQ=255) ttCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCa < 1:79250/148‑1 (MQ=255) tCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACt > 2:346576/1‑149 (MQ=255) 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8:241647/1‑104 (MQ=255) tttGCGGGAAATGCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCGTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACAcc < 6:73455/149‑1 (MQ=255) ggggCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTa < 3:86697/113‑1 (MQ=255) ggggCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTa > 4:86697/1‑113 (MQ=255) gCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCtttt < 4:202318/96‑1 (MQ=255) gCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCtttt > 3:202318/1‑96 (MQ=255) aTCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGaa < 4:92550/132‑1 (MQ=255) 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tgTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCTCCCTTGAGGGCATTGGCGGTGGAGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCTGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTgca < 1:137924/148‑1 (MQ=255) tGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTgcagc < 1:346576/149‑1 (MQ=255) gcgaTGAACGCAAAGCGTTCATCGCCCTGGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCCGGTATTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGAGAAACCTTGGGCAGTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATATGCAGCAc > 1:107150/4‑149 (MQ=255) cATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACtt > 3:339464/1‑149 (MQ=255) aTGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTgc > 4:196170/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |