| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,518,736 | T→A | 9.5% | K59* (AAA→TAA) ‡ | PP_4851 ← | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,518,736 | 0 | T | A | 9.5% | 215.8 / 4.5 | 74 | K59* (AAA→TAA) ‡ | PP_4851 | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/35); new base A (5/3); total (36/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTG > NC_002947/5518599‑5518883 | cttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGTGTTTGGGGCAGATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTAATctc > 4:16980/1‑147 (MQ=255)cttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCAAAGCGTTCAt < 4:134706/146‑1 (MQ=255)cttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCATTGGA‑GGTGGCGTCAAGATAGCAGGACGGGATTTTTTGTTACTCGTTTTGGGTATAATCCATT‑TTAAGGCAGGTGCTCATGAAAGCTTAGAGTTCATCGc > 2:53837/1‑149 (MQ=255) ttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTATTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGTGGAACATCCATT‑TTAAGGCAGCTGCTCATTAACGCATTTCGTTCATCGcc > 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cccTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGCTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTg > 2:267017/1‑132 (MQ=255) cccTTCAGGGCTTTGGG‑GGGTGCGTCAGCATTGCAGTTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGGTTGGGGGACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGt < 1:346717/149‑1 (MQ=255) ccTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTAGCGTTAATAGACCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTAGGCGTTGCAGGtt > 1:203280/1‑149 (MQ=255) ccTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGGTTTGGTGACATCCTTT‑TTAAGGCAGGTGATCATGAACGCTATGCGTTCATAGCCCTTTAGGGCCTTGTAGGTGGAGTCGTCGTTGAAGGtt > 7:263262/1‑149 (MQ=255) cTTCAGGGCTTTGGT‑GGTGGCGTCATCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTGTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGttt < 3:92278/149‑1 (MQ=255) 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ttttttCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTgg > 2:79250/1‑149 (MQ=255) ttttttCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTACTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTgg > 8:143008/1‑149 (MQ=255) ttttttCTTGCTGGGGTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTgg < 7:349015/149‑1 (MQ=255) ttCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCa < 1:79250/148‑1 (MQ=255) tCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACt > 2:346576/1‑149 (MQ=255) 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8:241647/1‑104 (MQ=255) tttGCGGGAAATGCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCGTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACAcc < 6:73455/149‑1 (MQ=255) ggggCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTa > 4:86697/1‑113 (MQ=255) ggggCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTa < 3:86697/113‑1 (MQ=255) gCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCtttt < 4:202318/96‑1 (MQ=255) gCACATCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCtttt > 3:202318/1‑96 (MQ=255) aTCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGaa < 4:92550/132‑1 (MQ=255) aTCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGaa > 3:92550/1‑132 (MQ=255) aTCCTTA‑TTCAGGCCCGTGCTCATGAACGCGTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACcgccagcgcca < 5:307411/149‑1 (MQ=255) tCCTTT‑TTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACcgccagcgccag > 8:107703/1‑149 (MQ=255) ttt‑ttCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTg > 3:197468/1‑119 (MQ=255) ttt‑ttCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTg < 4:197468/119‑1 (MQ=255) ttCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACg < 3:133701/148‑1 (MQ=255) tgTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCTCCCTTGAGGGCATTGGCGGTGGAGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCTGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTgca < 1:137924/148‑1 (MQ=255) tGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTgcagc < 1:346576/149‑1 (MQ=255) gcgaTGAACGCAAAGCGTTCATCGCCCTGGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCCGGTATTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGAGAAACCTTGGGCAGTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATATGCAGCAc > 1:107150/4‑149 (MQ=255) cATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACtt > 3:339464/1‑149 (MQ=255) aTGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTgc < 3:196170/141‑1 (MQ=255) aTGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTgc > 4:196170/1‑141 (MQ=255) aaCGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCAt > 6:46067/1‑149 (MQ=255) aaCGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCAt > 2:164587/1‑149 (MQ=255) ggtttGCGTTGATCGGCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGa < 4:195043/147‑1 (MQ=255) gCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATg > 4:359037/1‑147 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |