| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,530,635 | C→T | 6.0% | G112S (GGC→AGC) ‡ | braF ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,530,635 | 0 | C | T | 6.0% | 201.9 / 2.4 | 66 | G112S (GGC→AGC) ‡ | braF | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/32); new base T (2/2); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GCTTTCGGCCTTGCGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCACGTTCAGTTCGAT > NC_002947/5530492‑5530782 | gCTTTCGGCCTTGCGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGgcgc < 1:350682/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTGCGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCAACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGtt < 8:200818/148‑1 (MQ=255) gCCTTGCGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCGGCCTGGcgcgc < 4:300003/144‑2 (MQ=255) gCCTTGCGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCGGCCTGGcgcgc > 3:300003/1‑143 (MQ=255) gCGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGt > 5:157962/1‑149 (MQ=255) cGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGt < 6:56248/148‑1 (MQ=255) cGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGt < 8:222356/148‑1 (MQ=255) atctccTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGt < 1:368901/145‑1 (MQ=255) ggCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTac > 2:92102/1‑149 (MQ=255) cTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGt > 2:368901/1‑144 (MQ=255) tgtTGAGCACCCCGGCCAGCAAGCTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAc < 5:111733/149‑1 (MQ=255) ttGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑At > 1:173576/1‑149 (MQ=255) gAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATc < 2:173576/148‑1 (MQ=255) gAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATc < 7:27569/148‑1 (MQ=255) 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8:301253/99‑1 (MQ=255) acaTGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGt > 7:301253/1‑99 (MQ=255) acaTGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGc > 3:367117/1‑149 (MQ=255) acaTGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGc > 4:17856/1‑149 (MQ=255) gtgCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGaca > 1:65436/1‑149 (MQ=255) tgCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGacac < 4:367117/149‑1 (MQ=255) tgCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGaca < 2:344006/148‑1 (MQ=255) gCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AGTGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGacac > 8:266685/1‑148 (MQ=255) cTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACg > 3:157720/1‑148 (MQ=255) tGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTgta > 8:347417/1‑113 (MQ=255) tGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTgta < 7:347417/113‑1 (MQ=255) ggCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGaa < 4:297444/147‑1 (MQ=255) accaGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGgc > 1:223113/1‑149 (MQ=255) cagcagGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAACTATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGgcc < 1:92102/149‑1 (MQ=255) accaccGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTc > 3:41820/1‑149 (MQ=255) accaccGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTc < 4:157720/149‑1 (MQ=255) accGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGcc > 1:212640/1‑149 (MQ=255) accGACATTCCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGTCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGcc < 5:292951/149‑1 (MQ=255) cGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGa < 3:17856/149‑1 (MQ=255) cTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGa > 7:306169/1‑149 (MQ=255) gAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGa > 6:137944/1‑149 (MQ=255) cAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGaa > 5:359522/1‑123 (MQ=255) cAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGaa < 6:359522/123‑1 (MQ=255) cAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGt < 2:318624/149‑1 (MQ=255) gCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTgg > 5:170801/1‑149 (MQ=255) gCG‑AATGTTCTGAAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCCGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGgccgcc > 5:163130/1‑115 (MQ=255) g‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGgtg > 2:164267/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGCTCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCcgc < 2:212640/149‑1 (MQ=255) gAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGcc < 5:243098/147‑1 (MQ=255) gAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCcgc > 6:35751/1‑149 (MQ=255) aGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCgcgc < 4:41820/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCa > 4:78126/1‑149 (MQ=255) cgcgcCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCACGtt < 3:329738/149‑1 (MQ=255) cgcgcCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCACGt < 8:306169/148‑1 (MQ=255) gcgcCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCACGtt > 4:156263/1‑148 (MQ=255) cAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCACGTTCAGtt < 3:78126/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCGGTTGACCAGGTGTGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCACGTTCAGTTCGAt < 7:333326/149‑1 (MQ=255) | GCTTTCGGCCTTGCGGTAGGCCTTGGTGTTGAGCACCCCGGCCAGCAAGTTGCGGTTGACCCACATGTGCTGGGCCACCAGCAGGTTCTCCACCACCGACATTTCCTTGAACAGGCG‑AATGTTCTGGAAGGTGCGCGCCAGGCCGGCGCGGTTGACCAGGTGGGTACCACCGAAC‑ATCTTGTAGTACATACGGTTGGCAAAGCGCGCAGGCGACACGAAGTCGGCCGCCTGGAAGCGCTCGCCGAGCAGCTGGATGACGTTGGTGTGGCTGCCGCGCACGTTCAGTTCGAT > NC_002947/5530492‑5530782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |