| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,667,258 | G→T | 5.9% | intergenic (+36/+35) | nhaP → / ← PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,667,258 | 0 | G | T | 5.9% | 222.7 / 3.9 | 68 | intergenic (+36/+35) | nhaP/PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/36); new base T (2/2); total (30/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
AGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACA > NC_002947/5667113‑5667404 | aGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAAc < 7:315115/149‑1 (MQ=255) gAACGGGACATGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCTTTTGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAAccc < 6:153650/149‑1 (MQ=255) ggACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGGCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTTCACCCGCGaa < 2:205879/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAagag 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cAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTgg < 5:195558/149‑1 (MQ=255) aGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTc > 8:295829/1‑126 (MQ=255) aGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTc < 7:295829/126‑1 (MQ=255) ttGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGc < 8:84489/149‑1 (MQ=255) aGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGcc < 7:144357/125‑1 (MQ=255) aGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGcc > 8:144357/1‑125 (MQ=255) aGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTAGTCGACAGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGGACg > 3:3431/1‑149 (MQ=255) ggCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTg < 5:147865/148‑1 (MQ=255) ggCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGa > 7:292777/1‑149 (MQ=255) ggCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGa > 7:287574/1‑149 (MQ=255) ggtggtGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGAtctc < 8:106909/149‑1 (MQ=255) 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2:309864/113‑1 (MQ=38) cGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATggg > 1:309864/1‑113 (MQ=38) cccATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAAt < 6:46571/65‑1 (MQ=255) cccATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCa > 3:143282/1‑149 (MQ=255) cATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATc < 8:310656/149‑1 (MQ=255) cATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATc > 6:2643/1‑149 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTc > 5:126790/1‑149 (MQ=255) gggTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGa < 5:257797/149‑1 (MQ=255) gTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACa < 2:1666/149‑1 (MQ=255) gTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACa < 8:287574/149‑1 (MQ=255) gTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACa < 8:292777/149‑1 (MQ=255) | AGGAACGGGACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATTCGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACA > NC_002947/5667113‑5667404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |