Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 493,219 | C→T | 8.1% | Y223Y (TAC→TAT) | PP_0405 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 493,219 | 0 | C | T | 8.1% | 140.1 / 2.8 | 49 | Y223Y (TAC→TAT) | PP_0405 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/23); new base T (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
AAGGCCACCTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCGAAGCCTTCCACC > NC_002947/493073‑493367 | aaGGCCACCTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATATgg > 7:162257/1‑149 (MQ=255) ccACCTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCg < 2:206670/149‑1 (MQ=255) cACCTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCgg > 7:41332/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCg > 3:40677/1‑145 (MQ=255) cTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCg < 4:40677/145‑1 (MQ=255) cTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCa > 5:340080/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCa > 8:342680/1‑149 (MQ=255) cAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTa < 6:148076/149‑1 (MQ=255) aGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTAc > 6:280217/1‑149 (MQ=255) aGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTAc < 7:342680/149‑1 (MQ=255) aGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGCACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTAc > 7:27298/1‑149 (MQ=255) aGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTAc < 8:41332/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTAcct > 2:264871/1‑149 (MQ=255) cTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGt > 3:53628/1‑148 (MQ=255) aCAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGCACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGAc < 8:27298/149‑1 (MQ=255) cgcCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCt < 7:155332/149‑1 (MQ=255) cccTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCttt < 8:236666/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATATGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGt > 4:32190/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTAAATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCa < 5:331670/110‑1 (MQ=255) ggCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTAAATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCa > 6:331670/1‑110 (MQ=255) gcAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCt < 2:339470/149‑1 (MQ=255) cccAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGcc < 4:53628/149‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAg < 5:238139/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGCGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGgc > 8:69221/1‑149 (MQ=255) gTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATAc > 2:218720/1‑81 (MQ=255) gTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATAc < 1:218720/81‑1 (MQ=255) tACATGCCGCGCAACCTGATGCATAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTg < 7:233757/146‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCt < 5:280217/147‑1 (MQ=255) cgcgCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATATGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGac < 8:162257/149‑1 (MQ=255) gcgcAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTCCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGact < 1:264871/149‑1 (MQ=255) cgcAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGacta < 5:156517/149‑1 (MQ=255) gcAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAgg < 3:152173/120‑1 (MQ=255) gcAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAgg > 4:152173/1‑120 (MQ=255) tGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGgcag > 7:233621/1‑149 (MQ=255) gATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGgcag > 4:202088/1‑148 (MQ=255) ccccAACCCTGGCGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAggcgg > 2:325824/1‑149 (MQ=255) cccAATCGTTGTGTGCTTGACTTTCAGGATGCTGTATACTGTCCGGTCTCCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGTCGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAggcggc < 8:233621/149‑1 (MQ=255) ccAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTAcctgcc < 7:267464/66‑1 (MQ=255) ccAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTAcctgcc > 8:267464/1‑66 (MQ=255) ccAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCt > 3:190492/1‑149 (MQ=255) tgCTGGACTTTCAGGATGCGGTATATGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGt < 3:32190/148‑1 (MQ=255) tgCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACTGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGt < 2:124402/148‑1 (MQ=255) tGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCAc > 4:256742/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAg < 3:202088/148‑1 (MQ=255) tCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGt > 1:65837/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGt > 7:81546/1‑149 (MQ=255) cAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGtt > 8:115306/1‑149 (MQ=255) gATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCg > 1:23131/1‑148 (MQ=255) aTGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCGaa < 7:69221/149‑1 (MQ=255) aTGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCGaa < 5:284148/149‑1 (MQ=255) gCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCGAAGc > 4:140003/1‑149 (MQ=255) cGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCGAAGCCTTCCAcc > 8:224355/1‑149 (MQ=255) cGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCGAAGCCTTCCAcc < 3:256742/149‑1 (MQ=255) | AAGGCCACCTGGCAGCGCGTCAGCCAGTTGCTGATCGACAGCGCCCTGGCGCAGCCCAAGGTGCTGGTACACCGTGACTACATGCCGCGCAACCTGATGCAGAGCACCCCCAACCCTGGTGTGCTGGACTTTCAGGATGCGGTATACGGCCCGGTCACCTACGACATTACCTGCCTGTTCAAGGACGCCTTTGTCAGCTGGCCGCAGGCGCGGGTCGAAGGTTGGCTGGGCGACTACTGGCAGCAGGCGCAGGCGGCTGGCATCCCGGTGCACGCCGAGTTCGAAGCCTTCCACC > NC_002947/493073‑493367 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |