Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,796,670 | G→A | 8.8% | L410L (CTC→CTT) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,796,670 | 0 | G | A | 8.8% | 126.4 / 2.9 | 45 | L410L (CTC→CTT) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/22); new base A (2/2); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATGTATTGCTTGAGCTGGTCAGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCG > NC_002947/5796526‑5796818 | cctttATTGCTTGAGCTGGTCAGCGTCGTATCTGGCCACTCGCTGGTCGTCGGTGAGCGTGGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGGTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCgt < 5:73905/142‑2 (MQ=255) gCTTGAGCTGGTCAGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCg > 8:239612/1‑149 (MQ=255) gCTTGAGCTGGTCAGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCg > 6:215988/1‑149 (MQ=255) ttGAGCTGGTCAGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGAGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGt > 5:61078/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCAGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCg < 4:206180/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCTGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGgt < 2:141403/147‑1 (MQ=255) aGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGAGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCa > 1:52981/1‑149 (MQ=255) tcgtAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTgg < 4:310437/129‑1 (MQ=255) tcgtAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGc < 7:239612/149‑1 (MQ=255) tGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGc < 8:285821/123‑1 (MQ=255) tGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGc > 7:285821/1‑123 (MQ=255) gccaacacCCTGGTCGTCGGTCACCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACCCAGCCAGCGCATCTACGCGTGGC‑GCGACTTCAGGCGCTTGTCGATGGCGACGGTGTCAAGGATCTGGCCGGATTCGGTCTCCACGGCAAGCATCt > 4:125170/5‑149 (MQ=255) gccaacacCATGGTCGTCGGTCACCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGAAGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCTACGGTGTCAAGGATCTGGACTGTTTCTGTTTCAACAGCAAGGATCt > 4:130660/5‑149 (MQ=255) gCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGAGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATc < 6:61078/147‑1 (MQ=255) acacCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGAt > 3:97963/1‑143 (MQ=255) acacCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGAt < 4:97963/143‑1 (MQ=255) acCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCg > 7:182774/1‑149 (MQ=255) acCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCg > 2:261950/1‑149 (MQ=255) gtcgGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGacac > 7:113263/1‑149 (MQ=255) cAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGccc > 7:94766/1‑148 (MQ=255) cAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGccc < 8:94766/148‑1 (MQ=255) gTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGc < 8:5855/149‑1 (MQ=255) ggATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACt > 7:294147/1‑149 (MQ=255) cGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCt < 5:215988/148‑1 (MQ=255) ggggggCGGGCGGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGGCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCa < 5:228322/149‑1 (MQ=255) ggTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAg > 7:339141/1‑149 (MQ=255) gTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAgg > 1:131795/1‑149 (MQ=255) gCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCAGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTg > 1:238057/1‑108 (MQ=255) gCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTg < 2:238057/107‑1 (MQ=255) tGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTCGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATa < 1:261950/149‑1 (MQ=255) aCGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGcc < 8:182774/147‑1 (MQ=255) agccagcGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCa < 3:94512/121‑1 (MQ=255) agccagcGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCa > 4:94512/1‑121 (MQ=255) gagcTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCTGTTTCGGTGTCCACGAAAACGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACGTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCgc > 7:237790/3‑148 (MQ=255) cgcTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGAt < 8:294147/149‑1 (MQ=255) ttGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCACAATACGCAGAttac > 3:76402/1‑147 (MQ=255) cGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAg < 8:113263/148‑1 (MQ=255) tctcgACTTCTGGCGGTTGTCTATGGCTTCGGTTTCGATTATCTGGGCGGTTTGGGTGTCCAGGGCAAGGATCTGGCGCGGGCCGACACGGGCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCGATACTCCGATTTCCGAGGCGATgg < 4:76402/146‑1 (MQ=255) gACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCAAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGAt < 3:130660/149‑1 (MQ=255) gACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCAAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGAt < 3:125170/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGccc > 6:211489/1‑117 (MQ=255) ttGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCGGATTTCCGAGGCGATGGTGAt < 5:106275/137‑1 (MQ=255) ttGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCGGATTTCCGAGGCGATGGTGAt > 6:106275/1‑137 (MQ=255) tCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATtggtggt < 8:339141/149‑1 (MQ=255) gATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATtggtggtg < 6:341127/148‑1 (MQ=255) tCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAgcgcgc < 2:131795/149‑1 (MQ=255) gAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATtggtgg > 7:4772/1‑131 (MQ=255) gAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATtggtgg < 8:4772/131‑1 (MQ=255) gAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCg > 7:59952/1‑149 (MQ=255) gAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCg > 7:5440/1‑149 (MQ=255) gAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCg > 5:180980/1‑149 (MQ=255) | CATGTATTGCTTGAGCTGGTCAGCGTCGTAGCTGGCCACACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGC‑GCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCCCGGGCCGACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACGCCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCG > NC_002947/5796526‑5796818 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |