| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 503,592 | T→C | 9.6% | F208S (TTT→TCT) ‡ | PP_0414 → | polyamine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 503,592 | 0 | T | C | 9.6% | 228.9 / 10.9 | 83 | F208S (TTT→TCT) ‡ | PP_0414 | polyamine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/40); new base C (3/5); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGGCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGA‑GCAG‑GCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCT > NC_002947/503444‑503739 | tCGGCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGtt > 3:278217/1‑149 (MQ=255) gCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGa > 6:207709/1‑149 (MQ=255) gCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGa < 1:130401/149‑1 (MQ=255) cGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGAc < 5:207709/149‑1 (MQ=255) gACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGAc > 3:7053/1‑148 (MQ=255) gCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAgg > 1:254123/1‑149 (MQ=255) cAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTCAAACGAggtgg < 1:71729/148‑1 (MQ=255) cAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCCGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTCAAACGAggtg < 3:317846/147‑1 (MQ=255) cAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCCGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTCAAACGAggtg < 7:111164/147‑1 (MQ=255) aGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg > 8:238313/1‑149 (MQ=255) aGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg < 5:119915/149‑1 (MQ=255) aGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg < 5:58181/149‑1 (MQ=255) ggggTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTTACGAggtggtgg < 8:157257/149‑1 (MQ=255) aaCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGc < 4:7053/148‑1 (MQ=255) aaCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGc < 2:254123/148‑1 (MQ=255) aCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTg < 6:17444/149‑1 (MQ=255) aCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTg > 7:127015/1‑149 (MQ=255) cTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGt > 6:11339/1‑149 (MQ=255) cTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGt > 5:161288/1‑149 (MQ=255) cTACAATCTGCTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTGCCCCCGGGTGACCGTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGt < 5:85518/149‑1 (MQ=255) tACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGtt < 8:127015/149‑1 (MQ=255) tACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGtt > 4:42764/1‑149 (MQ=255) tACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTCAAACGAggtggcaaa > 2:186380/1‑136 (MQ=255) tACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTCAAACGAggtggcaaa < 1:186380/140‑5 (MQ=255) cAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTc < 7:238313/148‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTc < 5:135505/149‑1 (MQ=255) gtgcgGCGGCCAGCCTGGGAGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTCCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCgccgggccg < 3:224479/149‑1 (MQ=255) cggcCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGA‑GCAg < 6:161288/149‑1 (MQ=255) ggcCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGA‑GCAg‑g < 8:328382/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGA‑GCAG‑GCaa > 4:311966/1‑149 (MQ=255) aGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg > 3:64835/1‑114 (MQ=255) aGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg < 4:64835/114‑1 (MQ=255) gggCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGNGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGA‑GCAG‑GCAACACTGc > 1:34373/1‑149 (MQ=255) cTTCACGTCTGCTGGCGTTCCGGCGGGTGACCCTGCCGCGGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGA‑GCAG‑GCAACACTGCCGCgg < 7:198138/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |