| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,959,826 | T→C | 5.9% | D36G (GAC→GGC) | rnk ← | nucleotide diphosphokinase regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,959,826 | 0 | T | C | 5.9% | 300.9 / 5.7 | 102 | D36G (GAC→GGC) | rnk | nucleotide diphosphokinase regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/47); new base C (3/3); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TCCGGCCCGGCATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGC > NC_002947/5959679‑5959973 | tCCGGCCCGGCATCATTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTc > 6:39209/1‑149 (MQ=255) cccggcATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCa < 2:200272/149‑1 (MQ=255) cccggcATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCa < 5:283292/149‑1 (MQ=255) cggcATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAgg < 1:13330/149‑1 (MQ=255) ggcATCCTTGGGGTACACCAGTATCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAggg < 2:224073/149‑1 (MQ=255) aTCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGa < 3:209057/149‑1 (MQ=255) cTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGc < 3:153053/148‑1 (MQ=255) cTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGCCCTGCAGGACGAGct > 1:200244/1‑148 (MQ=255) cTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGCCCTGCAGGACGAGct < 1:221645/149‑2 (MQ=255) cTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGCCCTGCAGGACGAGct < 4:163753/149‑2 (MQ=255) tGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGcaca > 5:311272/1‑149 (MQ=255) ggggTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGCCCTGCAGGACGAGctt < 2:200244/147‑3 (MQ=255) ggTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGca < 5:369856/144‑1 (MQ=255) ggTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGca > 6:369856/1‑144 (MQ=255) acacCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGc > 8:108950/1‑149 (MQ=255) cacCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGc < 5:57104/148‑1 (MQ=255) acCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGct > 4:262085/1‑147 (MQ=255) acCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCg > 7:71280/1‑148 (MQ=255) 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gTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGt > 8:212079/1‑149 (MQ=255) gTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGt > 6:20106/1‑149 (MQ=255) tGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTc < 1:138109/149‑1 (MQ=255) gcccgaccACCTGCGCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCCGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGGCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCa < 4:306387/147‑1 (MQ=255) cgaccACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCATGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGAc > 1:6263/1‑149 (MQ=255) cgaccACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGAc < 7:45909/149‑1 (MQ=255) caccTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGaa < 3:114754/118‑1 (MQ=255) caccTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGaa > 4:114754/1‑118 (MQ=255) accTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCtt > 6:321949/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCttt < 7:108950/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGaa > 5:147959/1‑149 (MQ=255) cTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGaa > 3:228320/1‑148 (MQ=255) ggCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACa < 5:189540/147‑1 (MQ=255) ggCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAgg > 5:7144/1‑149 (MQ=255) gccgGTCACGCTCGTCCGGCAGGGCGAGCACCCCCGGCGTACTCCCGTCGAGGCTGGCGATCCGACGCTCCCGACGCGGTCCGCCCAATCGGGTGAGGATGAGGCAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGGCACACTCCTTTGAACAGGCa < 4:340980/147‑1 (MQ=255) cgcgGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCa < 5:65988/149‑1 (MQ=255) tCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGtttt < 6:286638/149‑1 (MQ=255) gtgtgCTCGCCCTGCAGGACGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGtttt > 4:118434/5‑149 (MQ=255) aaGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTc > 4:313897/1‑148 (MQ=255) cTCGCCCTGCAGGACGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAAtg > 6:76286/1‑149 (MQ=255) gTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGc < 1:354071/149‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGc < 5:20106/149‑1 (MQ=255) | TCCGGCCCGGCATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGC > NC_002947/5959679‑5959973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |