| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,999,561 | T→G | 8.5% | H32Q (CAT→CAG) | PP_5256 → | cyclic nucleotide‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,999,561 | 0 | T | G | 8.5% | 213.4 / 8.3 | 69 | H32Q (CAT→CAG) | PP_5256 | cyclic nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/32); new base G (3/3); total (34/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTGCTCTATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCTGATGGCCACGGTATTGGCCATCGGCTGGTG > NC_002947/5999419‑5999707 | ccTGCTCTATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTgg > 7:8839/1‑149 (MQ=255) cTGCTCTATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGgc < 6:44931/149‑1 (MQ=255) tctATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGccagcggcc > 6:78217/1‑141 (MQ=255) tATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGTCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCAGGCATGgcgct < 4:77109/146‑2 (MQ=255) tATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCa > 4:168717/1‑149 (MQ=255) tATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATACAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCAGGCATGgcgct > 3:77109/1‑145 (MQ=255) ttACTACCCACAGCCCTCCCCTCTCCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCAGGCATGgcgctga < 3:284985/146‑4 (MQ=255) ttACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATc < 7:292926/146‑1 (MQ=255) ttACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAgc < 1:285061/149‑1 (MQ=255) actacCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAgcgc > 2:300070/1‑149 (MQ=255) tacCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAgcgcgc < 8:75481/149‑1 (MQ=255) cccACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAgcgcgcgc < 5:39861/149‑1 (MQ=255) cacaGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCt > 3:39659/1‑149 (MQ=255) aGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGt < 3:168717/149‑1 (MQ=255) gCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTg < 8:204688/149‑1 (MQ=255) cctcccctcACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGcc > 1:186893/1‑142 (MQ=255) cctcccctcACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGcc < 2:186893/142‑1 (MQ=255) ctcccctcACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCAt < 4:212131/119‑1 (MQ=255) tcccctcACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCAGGCATGgcgctgaa < 2:80589/131‑5 (MQ=255) tcccctcACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCAGGCATGgcgctgaa > 1:80589/1‑127 (MQ=255) aCCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCctg < 4:15316/147‑1 (MQ=255) ccccGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGTGCCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAgcgcgc > 1:242369/1‑129 (MQ=255) ccccGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAgcgcgc < 2:242369/128‑1 (MQ=255) ccccGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGt > 8:245462/1‑149 (MQ=255) ccGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTg < 6:232596/134‑1 (MQ=255) ccGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTg > 5:232596/1‑134 (MQ=255) cGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCa < 4:152452/149‑1 (MQ=255) cTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGAt < 1:300070/149‑1 (MQ=255) ggCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATgg > 4:282094/1‑149 (MQ=255) aTCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTgg > 2:255312/1‑149 (MQ=255) cAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCa < 6:116243/148‑1 (MQ=255) gt‑cCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCAt > 1:250436/1‑144 (MQ=255) gt‑cCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCAt < 2:250436/144‑1 (MQ=255) gt‑cCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGGGATCTTCCTGCTGTTCAGCCTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAg < 1:192781/148‑1 (MQ=255) ccGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCt > 2:169725/1‑149 (MQ=255) gCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAaccac > 4:363167/1‑149 (MQ=255) cTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCGCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAaccacc < 2:319545/149‑1 (MQ=255) tCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGt > 5:325992/1‑112 (MQ=255) tCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGt < 6:325992/112‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCAccgcc > 4:215995/1‑149 (MQ=255) cTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGccc > 3:96586/1‑148 (MQ=255) ttGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCcga > 5:60062/1‑149 (MQ=255) gATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTc < 6:121360/82‑1 (MQ=255) gATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTc > 5:121360/1‑82 (MQ=255) gATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCcgac < 3:363167/148‑1 (MQ=255) tCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGAt < 7:245462/149‑1 (MQ=255) tCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGAt > 7:328450/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATg > 6:26884/1‑149 (MQ=255) tGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGt > 6:261609/1‑148 (MQ=255) cTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGGTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGtc < 8:8839/147‑1 (MQ=255) gACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTcgcg < 7:216609/149‑1 (MQ=255) gACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTcgc < 4:39659/148‑1 (MQ=255) gACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTcgc < 5:26884/148‑1 (MQ=255) gTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCt > 1:239269/1‑149 (MQ=255) ggCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCTGATGGc < 4:96586/148‑1 (MQ=255) aaCTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCTGATGGCCACg > 4:311252/1‑149 (MQ=255) aaCTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCTGATGGCCACg > 8:121209/1‑149 (MQ=255) aaCTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCTGATGGCCACg < 3:215995/149‑1 (MQ=255) 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cATCCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGAGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCTGATGGCCACGGTATTGGCCATCGGCtggtg > 4:29998/1‑149 (MQ=255) | CCTGCTCTATTACTACCCACAGCCCTCCCCTCACCCCCGAGATCACCATGCTGGCGTTCATCCAGTCGT‑CCCCGTTGTTGCTCGGTTGCGCCTTGATCCTGCTCGACCTCGTGCTTTGGCAACTGATCCCCATTCAGCGCCATGCCTGGCGCATCAGCGCGCGCCTGGTGATCTTCCTGCTGTTCAG‑CTCAGTGCTGATGGCCGCTGGCATGAGCCCGCTGCAACCACCGCCGTGGCCCGACGATGTCTCGCGCAACCTGATGGCCACGGTATTGGCCATCGGCTGGTG > NC_002947/5999419‑5999707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |