| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,054,758 | A→G | 9.7% | K46E (AAG→GAG) ‡ | exbD → | TonB‑gated outer membrane transporter gating inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,054,758 | 0 | A | G | 9.7% | 224.2 / 12.8 | 82 | K46E (AAG→GAG) ‡ | exbD | TonB‑gated outer membrane transporter gating inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/34); new base G (4/4); total (44/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
TGGGGTAAGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGGCGCCAAGGCCGGAGAAACCGGTGTTCGTCAGCGTCAAGGCCGACCAGAAGCTGTATGTCGGCGACGATCAGGTTGCTGCACCCGACCAGCTTGGCCCGATGCTCGACGCCAA > NC_002947/6054612‑6054903 | tGGGGTAAGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAATACCTCGAAATCAACGTTACGCCTGTCATCGACGTGTGGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCG‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAg < 2:143450/149‑1 (MQ=255) gggTAAGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAgg < 3:299868/148‑1 (MQ=255) gggTAAGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCAC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCacagt > 4:194603/1‑145 (MQ=255) gTAAGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTc > 8:305388/1‑148 (MQ=255) gTAAGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCAGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTc > 1:156097/1‑148 (MQ=255) tAAGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGa < 5:174958/149‑1 (MQ=255) aaGCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGAc > 3:167790/1‑149 (MQ=255) gCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACCTTGATGTCGAccg < 5:375512/149‑2 (MQ=255) gCCATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCt > 8:167133/1‑149 (MQ=255) cATGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGc > 6:94682/1‑149 (MQ=255) aTGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACCTTGATGTCGAccgtag < 4:146636/149‑5 (MQ=39) aTGGGCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGcc > 2:14814/1‑149 (MQ=255) gCCTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGcc > 5:91342/1‑149 (MQ=255) ccTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTACCGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGcc < 1:210080/149‑1 (MQ=255) ccTGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCt < 7:305388/149‑1 (MQ=255) tGCATCTCAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTc > 2:84275/1‑148 (MQ=255) tcAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACCTTGATGTCGAccgta > 8:154238/1‑132 (MQ=39) tcAACGAAGGTGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACCTTGATGTCGAccgta < 7:154238/135‑4 (MQ=39) 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tGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAAcc > 3:113006/1‑136 (MQ=255) tGGCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAAcc < 4:113006/136‑1 (MQ=255) ggCGACGACCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGgcgc > 7:304814/1‑148 (MQ=255) cgacgaCCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGGCGCCaa < 1:14814/149‑1 (MQ=255) acgacCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACCTTGATGTCGAccgta > 6:75178/1‑117 (MQ=38) acgacCTCGCCGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACCTTGATGTCGAccgta < 5:75178/120‑4 (MQ=38) cTCGGCGAATACCACGAAATCAACGTTACGACGTTCATCGAGGTGATGCTGGTGCTTCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGGCGCCAAGGCCGga < 2:156097/149‑1 (MQ=255) cGAAAACCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGGCGCCAAGGCCGGAGAAAc > 5:59937/1‑149 (MQ=255) aaaaCCACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGGCGCCAAGGCCGGAGAAACCg < 6:91342/149‑1 (MQ=255) ccACGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGGCGCCAAGGCCGGAGAAACCGgtgt < 1:84275/149‑1 (MQ=255) aCGAAATCAACGTTACGCCGTTCATCGACGTGATGCTGGTGCTGCTGATCATCTTCATGGTCGCCGCTCCC‑TTGGCTA‑CGGTCGACATCAAGGTCGACCTGCCGGCCTCAACCGCCAAACCGGCGCCAAGGCCGGAGAAACCGGTGTTc > 8:330832/1‑149 (MQ=255) 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NC_002947/6054612‑6054903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |