| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,173,516 | T→A | 7.9% | I375F (ATC→TTC) | glmU ← | bifunctional N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,173,516 | 0 | T | A | 7.9% | 176.3 / 5.8 | 63 | I375F (ATC→TTC) | glmU | bifunctional N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/30); new base A (2/3); total (30/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
AGCCGGCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGCGA > NC_002947/6173375‑6173658 | aGCCGGCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTg > 3:98748/1‑146 (MQ=255)aGCCGGCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTg < 4:98748/146‑1 (MQ=255) ggCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAGCACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTgcgcg > 7:169697/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCATCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCg < 8:209757/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCgg < 6:65374/148‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGc < 2:47260/149‑1 (MQ=255) aattCCACCGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTGCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCaggt < 2:207262/146‑1 (MQ=255) tttCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCg < 1:146934/134‑1 (MQ=255) ttCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTgcgc > 1:366605/1‑121 (MQ=255) ttCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTgcgc < 2:366605/121‑1 (MQ=255) ccACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCCCCCATCACGGTCTTGAAGTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTc > 1:16532/1‑149 (MQ=255) ccACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCaggtaggt > 4:126208/1‑148 (MQ=255) ccACAGGAGCCACCAGCGTGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCAGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCaggtaggt < 7:286634/148‑1 (MQ=255) acaGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAg > 4:154859/1‑149 (MQ=255) ttCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCAGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCtt > 5:165680/1‑148 (MQ=255) 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8:70198/149‑1 (MQ=255) acacGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGc < 6:165680/148‑1 (MQ=255) acacGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCACCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCg > 2:306171/1‑149 (MQ=255) cGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGttt < 2:246208/149‑1 (MQ=255) tCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGttttt < 5:349459/149‑1 (MQ=255) cACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTc < 5:30808/146‑1 (MQ=255) cACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCACCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCa < 1:306171/147‑1 (MQ=255) aCCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGt > 4:138546/1‑148 (MQ=255) aCCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCG‑TTTTCAGtt > 7:122052/1‑148 (MQ=255) ccATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGAAGGTGCCGGCGCCGATATAGGTGCGCGCACCGAGTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTc > 7:243207/1‑148 (MQ=255) cATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGttttt < 3:107554/141‑1 (MQ=255) cATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGttttt > 4:107554/1‑141 (MQ=255) cATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCaa < 8:169697/149‑1 (MQ=255) cATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCaa < 3:126208/149‑1 (MQ=255) aTCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTggg < 8:2369/133‑1 (MQ=255) aTCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTggg > 7:2369/1‑133 (MQ=255) ggTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCCCCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGt > 6:6630/1‑149 (MQ=255) tCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTa < 3:138546/149‑1 (MQ=255) ttGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTAcc < 7:353673/149‑1 (MQ=255) ttGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTAcc > 8:353673/1‑149 (MQ=255) aaCTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCca > 6:139538/1‑148 (MQ=255) aaCTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGCGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCca > 5:173454/1‑148 (MQ=255) aCTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATccccc < 4:207446/77‑1 (MQ=255) aCTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATccccc > 3:207446/1‑77 (MQ=255) ttgttgGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATg > 1:250308/1‑149 (MQ=255) ccATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGc < 2:16532/149‑1 (MQ=255) gTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTc > 6:36395/1‑147 (MQ=255) ttGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGa > 2:2310/1‑118 (MQ=255) cAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGc < 2:250308/148‑1 (MQ=255) ggTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGc > 2:366098/1‑149 (MQ=255) tGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGccc < 5:36395/149‑1 (MQ=255) aTGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGttttt < 7:355812/98‑1 (MQ=255) aTGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGttttt > 8:355812/1‑98 (MQ=255) gCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGgcg > 3:114804/1‑147 (MQ=255) ggCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGtt < 2:88637/87‑1 (MQ=255) ggCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGtt < 4:197237/87‑1 (MQ=255) ggCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGtt > 1:88637/1‑87 (MQ=255) ggCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGtt > 3:197237/1‑87 (MQ=255) gatgcCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCa < 4:12868/89‑1 (MQ=37) gatgcCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCa > 3:12868/4‑92 (MQ=37) cgcCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGCGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGCGa < 6:173454/149‑1 (MQ=255) gcCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGc > 7:261761/1‑146 (MQ=255) gcCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGCGa < 8:261761/148‑1 (MQ=255) | AGCCGGCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACACGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGCGA > NC_002947/6173375‑6173658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |