Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 841,822 | C→A | 7.8% | V410L (GTG→TTG) | PP_0725 ← | TPR repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 841,822 | 0 | C | A | 7.8% | 158.7 / 2.6 | 51 | V410L (GTG→TTG) | PP_0725 | TPR repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/24); new base A (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
GGCGTTTTCTGGCTCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTGGCGATCAGG > NC_002947/841682‑841964 | ggCGTTTTCTGGCTCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCAcc > 6:367708/1‑142 (MQ=255) ggCGTTTTCTGGCTCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTg < 7:38781/148‑1 (MQ=255) ggCGTTTTCTGGCTCGCGGGTGATCATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCAcc < 5:367708/142‑1 (MQ=255) ttCTGGCTCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTgg < 8:7918/148‑1 (MQ=255) ttCTGGCTCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGGCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTgg < 5:91167/148‑1 (MQ=255) cTCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCt > 1:203774/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCtt > 1:21927/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCttg > 4:77733/1‑149 (MQ=255) gTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCttgttgtt < 5:315863/149‑1 (MQ=255) gTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCttgttgtt < 2:21927/149‑1 (MQ=255) gatgatGGCGCGCAGGTCTTTATCAATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATCACGCGGGTGTAAACCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGTATGGCTTGTTGCAGCACCTGGATGGCATGGGCGTCCttgttgatgt > 2:259451/1‑149 (MQ=255) tgatgGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCttgttgttgttg < 5:130225/149‑1 (MQ=255) gatgGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGc > 6:210368/1‑149 (MQ=255) cgcgcAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAg < 3:77733/149‑1 (MQ=255) gctcAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCTGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGc < 1:259451/146‑1 (MQ=255) gcAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCtt > 7:72302/1‑149 (MQ=255) gTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTa > 1:49678/1‑141 (MQ=255) gTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTa < 2:49678/141‑1 (MQ=255) cTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGAt > 5:365707/1‑149 (MQ=255) tttttCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAg < 4:157854/139‑1 (MQ=255) tttttCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAg > 3:157854/1‑139 (MQ=255) tttttCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGAtt > 6:342462/1‑149 (MQ=255) ttttCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTCGTTGGCCTGGGGGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTc > 5:31514/1‑149 (MQ=255) cATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCa < 1:173333/149‑1 (MQ=255) aTCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTTGATGGCTTGTTGCAGCACATGGTTGGCCTGGGCGTCCttgttgttg > 7:336829/1‑123 (MQ=255) aTCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCttgttgttg < 8:336829/123‑1 (MQ=255) gTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAg < 5:210368/149‑1 (MQ=255) cAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCt > 6:244620/1‑149 (MQ=255) ttGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGc < 2:203774/149‑1 (MQ=255) cgcTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTa < 6:69026/149‑1 (MQ=255) gCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTctggctg < 8:118120/149‑1 (MQ=255) cAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTggg < 2:181307/149‑1 (MQ=255) aTGGCGGGGGTGTTTAGGTGGTTGAGGGCTTCTGGGTAGCTCTTGATGGCTTGTTGCAGGACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCGGTTTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTa < 2:251704/134‑1 (MQ=255) aTGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGAGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCATGAATAGCTGCAAGGCGTa > 1:251704/1‑134 (MQ=255) cgGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTcgcgcgc < 1:147951/149‑1 (MQ=255) gtgtAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTc < 5:244620/149‑1 (MQ=255) gtAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCgg > 7:281963/1‑149 (MQ=255) gCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAg > 6:102460/1‑100 (MQ=255) gCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAg < 5:102460/100‑1 (MQ=255) cAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCGGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAg > 6:308706/1‑147 (MQ=255) gAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGgcgc < 8:72302/148‑1 (MQ=255) gtcgtcCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAgg > 4:369891/1‑149 (MQ=255) gtcgtcCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAgg > 1:68601/1‑149 (MQ=255) gggTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGc > 1:190612/1‑128 (MQ=255) gggTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGc < 2:190612/128‑1 (MQ=255) gTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCAACTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGc > 1:175735/1‑149 (MQ=255) gTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCAACTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGc > 1:181478/1‑149 (MQ=255) gCTTGTTGCAGCAACTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTgg < 2:175735/148‑1 (MQ=255) gCTTGTTGCAGCAACTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTgg < 2:181478/148‑1 (MQ=255) ttgttgCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTGGCGa > 5:244292/1‑149 (MQ=255) ttgCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGa > 1:234595/1‑110 (MQ=255) ttgCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGa < 2:234595/110‑1 (MQ=255) gcagcaCCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTGGCGATCAg > 8:198551/1‑148 (MQ=255) ccTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTGGCGATCAgg < 1:83518/143‑1 (MQ=255) ccTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTGGCGATCAgg > 2:83518/1‑143 (MQ=255) | GGCGTTTTCTGGCTCGCGGGTGATGATGGCGCGCAGGTCTTTTTCCATCTGCGTCAAATCGTTGCGCTTCTCGGCCAGCATGGCGCGGGTGTAAAGCAGGTTGAGGTCGTCCGGGTAGCGCTGGATGGCTTGTTGCAGCACCTGGTTGGCCTGGGCGTCCTTGTTGTTGTTGCTGTAGCTTTCCGATTCGATCAGGAATAGCTGGATGGCGTAGTCTGGCTGGGCTTCGCGCGCGTCGGCGAGCAGGCGCGAGGCCTCGGTGCCGCGGCCGTTGGCGATCAGG > NC_002947/841682‑841964 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |