Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 868,515 | T→C | 8.9% | K358R (AAG→AGG) | mqo‑I ← | malate:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 868,515 | 0 | T | C | 8.9% | 148.7 / 5.6 | 57 | K358R (AAG→AGG) | mqo‑I | malate:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/25); new base C (3/2); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 |
CGCCTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGAAGTCTTG > NC_002947/868369‑868661 | cgccTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTg < 1:233819/149‑1 (MQ=255) cgccTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTg > 2:336230/1‑149 (MQ=255) ttttCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAg < 1:61827/148‑1 (MQ=255) gggTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑At > 1:13407/1‑149 (MQ=255) ggTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑Atg > 2:179693/1‑149 (MQ=255) tcttGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCTCTTCGCTGACCAAGTACCTGGTCAgc > 4:129783/1‑136 (MQ=255) tcttGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCTCTTCGCTGACCAAGTACCTGGTCAgc < 3:129783/137‑2 (MQ=255) atgatCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCggg < 6:176453/148‑1 (MQ=255) atgatCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGc > 6:86871/1‑149 (MQ=255) atCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCAc > 7:325575/1‑149 (MQ=255) cACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCa < 1:143301/149‑1 (MQ=255) gcgcTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACt > 4:66544/1‑113 (MQ=255) gcgcTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCa > 2:70815/1‑149 (MQ=255) gcTGACCCGCCACTTCCAGGAGCCAGTCCTCCGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACCAAGGGCTTCCACACGCTGCTC‑‑CATCCACTCCAACACTTCCATGACCACCTACAACGTCAGGTCC‑ATGTACACGCGGTCCACAGccaccaac > 6:125893/1‑147 (MQ=255) ccGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGcc > 6:77226/1‑148 (MQ=255) gCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGAt > 8:274515/1‑149 (MQ=255) aCTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGtt < 1:336230/149‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGcc > 6:219779/1‑141 (MQ=255) ttCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGcc < 5:219779/141‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGAGGTTGc > 7:100573/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGcc > 7:11152/1‑148 (MQ=255) ccAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGcc > 3:309612/1‑148 (MQ=255) aGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCAt < 8:325575/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCAGAATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCAt > 1:291820/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATgc < 8:11152/149‑1 (MQ=255) gcCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAACATCGGGCCGATGTTGCCCATgcgc > 1:348756/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGa > 1:344970/1‑147 (MQ=255) ggCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAACATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAg < 2:348756/147‑1 (MQ=255) gCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAg > 7:137960/1‑107 (MQ=255) gCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAg < 8:137960/107‑1 (MQ=255) gacgCAGGGCTTCCAGACGCTGGTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGc < 5:125893/149‑1 (MQ=255) gCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCtt > 4:331330/1‑148 (MQ=255) aGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAg < 5:77226/149‑1 (MQ=255) gggCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAgg < 2:13407/149‑1 (MQ=255) cTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTAC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCCTGCTTGAGGAAc > 5:313127/1‑149 (MQ=255) ccAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTg > 3:26440/1‑149 (MQ=255) cAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTg < 3:331330/148‑1 (MQ=255) aCGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAg < 5:86871/149‑1 (MQ=255) gctgctC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGt > 6:29529/1‑148 (MQ=255) cATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCGATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCg > 1:71236/1‑149 (MQ=255) cATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGt < 6:193837/141‑1 (MQ=255) cATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGt > 5:193837/1‑141 (MQ=255) gACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCAt < 4:309612/148‑1 (MQ=255) gACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTAGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCAt < 1:70815/148‑1 (MQ=255) cATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGAc < 7:274515/149‑1 (MQ=255) tCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGt > 8:307389/1‑127 (MQ=255) tCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGt < 7:307389/127‑1 (MQ=255) aCTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGaa > 7:148053/1‑149 (MQ=255) cTGACCAAGTACCTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTa > 7:266042/1‑120 (MQ=255) cTGACCAAGTACCTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTa < 8:266042/120‑1 (MQ=255) cTGACCAAGTACCTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAAcagcag > 3:67252/1‑149 (MQ=255) ccAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGaa < 2:291820/149‑1 (MQ=255) cAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACg > 1:309552/1‑131 (MQ=255) cAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAAcagca < 1:163396/143‑1 (MQ=255) cAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAAcagca > 2:163396/1‑143 (MQ=255) cAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGAAg < 4:26440/149‑1 (MQ=255) cAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGAATCGGGCCGATGTTGACCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACg < 2:309552/131‑1 (MQ=255) cTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGAAGTCTTg < 8:100573/148‑1 (MQ=255) | CGCCTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTC‑‑CATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCC‑ATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGAAGTCTTG > NC_002947/868369‑868661 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |