Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 999,287 | C→T | 8.3% | G278R (GGG→AGG) | PP_0861 ← | outer membrane ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 999,287 | 0 | C | T | 8.3% | 132.6 / 2.6 | 48 | G278R (GGG→AGG) | PP_0861 | outer membrane ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/27); new base T (2/2); total (19/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 |
GATGGTCAGCGAGTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACGGGGCGATACCCCAGCGGTCGTAGTTGAC > NC_002947/999141‑999434 | gATGGTCAGCGAGTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCgg > 7:4849/1‑149 (MQ=255) aGCGAGTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGcc < 5:338450/149‑1 (MQ=255) cGAGTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGt < 4:117757/149‑1 (MQ=255) cGAGTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGt < 2:231544/149‑1 (MQ=255) aGTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTg < 4:327600/149‑1 (MQ=255) gTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTgg > 5:178603/1‑149 (MQ=255) ggTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATg < 6:178603/149‑1 (MQ=255) tCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGgt > 5:151653/1‑149 (MQ=255) tGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGgtgt > 5:323121/1‑148 (MQ=255) cTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAg < 7:118036/149‑1 (MQ=255) gACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAggg < 8:133993/148‑1 (MQ=255) ggCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGc < 5:350241/149‑1 (MQ=255) cGAAGGTGTCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCTGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGTCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCTCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATTccc < 3:141990/149‑1 (MQ=255) gAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGccc > 3:350392/1‑148 (MQ=255) cGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCgg > 5:75441/1‑148 (MQ=255) gATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCa < 1:372240/149‑1 (MQ=255) gATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCa < 3:353525/149‑1 (MQ=255) ccACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGgtcg > 2:176939/1‑149 (MQ=255) cACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGACGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGgtcg < 8:4849/148‑1 (MQ=255) tCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGc > 1:240370/1‑149 (MQ=255) gTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTc < 6:75441/149‑1 (MQ=255) gCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCa < 4:350392/146‑1 (MQ=255) gCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAggt > 7:10892/1‑149 (MQ=255) cGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAggtg < 5:286726/149‑1 (MQ=255) cGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAggt < 7:50537/148‑1 (MQ=255) aaGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGgta < 2:4972/149‑1 (MQ=255) aaGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGgta < 6:151653/149‑1 (MQ=255) gCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCaa < 1:171048/149‑1 (MQ=255) tAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCCGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGt > 3:307483/1‑149 (MQ=255) gTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTc < 3:114897/129‑1 (MQ=255) gTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTc > 4:114897/1‑129 (MQ=255) ttGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGt < 1:176939/149‑1 (MQ=255) cTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAg < 8:10892/149‑1 (MQ=255) tCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGc > 2:102521/1‑148 (MQ=255) catcatTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAg < 1:248970/146‑1 (MQ=255) catcatTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGATTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACTCGGGTCCGAGTGCCCAGGCCAAAg > 2:248970/1‑146 (MQ=255) atcatTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCa < 2:240370/149‑1 (MQ=255) tcatTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCAGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAACGGCCAg > 4:328659/1‑149 (MQ=255) tcatTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCCGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAg < 4:307483/149‑1 (MQ=255) ttCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGa > 4:50492/1‑149 (MQ=255) cTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACgggg < 6:323121/149‑1 (MQ=255) gCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCaaa > 7:333209/1‑122 (MQ=255) gCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCaaa < 8:333209/122‑1 (MQ=255) ccGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACGGGGCGACACCCCAGCgg > 8:338678/1‑149 (MQ=255) cGAGGTGCGCCTGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACgggg > 3:158580/1‑134 (MQ=255) cGAGGTGCGCCTGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACgggg > 3:164349/1‑134 (MQ=255) cGAGGTGCGCCTGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACgggg < 4:164349/134‑1 (MQ=255) cGAGGTGCGCCTGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACgggg < 4:158580/134‑1 (MQ=255) ccGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACGGGGCGATACCCCAGCGGTCGTAGTTGAc < 1:102521/149‑1 (MQ=255) | GATGGTCAGCGAGTCGGTCAGGTCGTGCTCGACGGCGAAGGTTGCGATATCCACTCGGGTCTTGCGGAAGTCGCGGCCGGTCAGGCCGTAGAAGTTGTCACTGTCGCCGCCATCATTCGGCTTGCTCGGGTGTGCCGAGGTGCGCCCGGCGCTGCCGTTGGTCGGGATGGTGTAAGGGATGCCCGAATCCGGCAGGTCGTCGCTTTCCAGGTGGTAGTAGTCAAGGTTGACGCGGGTCGGCGTGCCCAGGCCAAAGGCCAGCGACGGGGCGATACCCCAGCGGTCGTAGTTGAC > NC_002947/999141‑999434 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |