Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,027,996 | G→C | 10.5% | A248A (GCC→GCG) | dppA‑III ← | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,027,996 | 0 | G | C | 10.5% | 160.7 / 10.1 | 57 | A248A (GCC→GCG) | dppA‑III | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/26); new base C (3/3); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 |
TCACGTTGTAGGCGATATAGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGAT > NC_002947/1027848‑1028142 | tCACGTTGTAGGCGATATAGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAg > 6:300791/1‑149 (MQ=255) tAGGCGATATAGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCggt > 3:305151/1‑149 (MQ=255) ggCGATATAGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGACGCCTCggtgc > 6:342865/1‑148 (MQ=255) cGATATAGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGgtggtg < 5:105750/149‑1 (MQ=255) atatAGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGACGCCTCggtgcgcat < 5:342865/149‑6 (MQ=255) tataGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATg < 8:204341/149‑1 (MQ=255) gTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGAt > 5:177572/1‑147 (MQ=255) ttGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAg < 3:135335/149‑1 (MQ=255) gAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGAt > 4:118566/1‑135 (MQ=255) gAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGAt < 3:118566/135‑1 (MQ=255) cGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCAc < 1:99359/147‑1 (MQ=255) cGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCAc < 4:305151/147‑1 (MQ=255) cGGCAGTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTATTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTTTCGATGTTCACGt > 8:57867/1‑149 (MQ=255) cGGCA‑TTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTc < 3:302674/149‑1 (MQ=255) aTTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGACGCCTCggtgcgc < 6:863/114‑4 (MQ=255) aTTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGACGCCTCggtgcgc > 5:863/1‑111 (MQ=255) gCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTc < 1:194590/130‑1 (MQ=255) gCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTc > 2:194590/1‑130 (MQ=255) cAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGc < 2:309542/148‑1 (MQ=255) aGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTg > 3:236780/1‑149 (MQ=255) gcTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGAGGGCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATGAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCag < 4:270538/148‑1 (MQ=255) tCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTc > 1:220256/1‑149 (MQ=255) tAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACGGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCttgttg < 5:300791/148‑1 (MQ=255) gCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGccc < 2:201905/149‑1 (MQ=255) gCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCtt > 2:311559/1‑148 (MQ=255) tCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCttg > 6:266318/1‑138 (MQ=255) tCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCttg < 5:266318/138‑1 (MQ=255) gATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGCCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCAAGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCAAGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGc > 8:251544/1‑149 (MQ=255) aTGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCg > 2:249264/1‑149 (MQ=255) gCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTg > 3:356420/1‑149 (MQ=255) ccGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTgc < 4:236780/149‑1 (MQ=255) ccGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTgc > 8:211020/1‑149 (MQ=255) gCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGt > 1:17529/1‑149 (MQ=255) cGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTc < 4:356420/149‑1 (MQ=255) gggAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGACAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCtt > 1:299415/1‑149 (MQ=255) tGACCGGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGCGGCGTCGGTGGTGATGGCAATGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTg < 7:57867/149‑1 (MQ=255) ccTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCt < 2:17529/148‑1 (MQ=255) ccTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTg < 6:177572/149‑1 (MQ=255) cTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTg > 2:105203/1‑148 (MQ=255) aCTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCt < 7:352309/142‑1 (MQ=255) aCTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCt > 8:352309/1‑142 (MQ=255) cTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGaa > 4:205902/1‑111 (MQ=255) cttGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCgg > 4:293078/1‑149 (MQ=255) gAGCTGCTGCAGGCGCACCGCGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCCATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCATTCGCCCTTGTTGCCCTTCAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTCCTCAACACCAACGGGCCgg < 2:220256/146‑1 (MQ=255) cTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCg > 3:255817/1‑149 (MQ=255) gCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGc > 3:109183/1‑149 (MQ=255) catcaccACCGACGCCTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCt > 4:58024/7‑149 (MQ=255) atcaccACCGACGCCTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCtt < 3:58024/144‑1 (MQ=255) aTGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCtt > 3:11498/1‑149 (MQ=255) cgcACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCt < 1:105203/148‑1 (MQ=255) cgcACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTg < 3:293078/149‑1 (MQ=255) gcACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATc > 6:112988/1‑140 (MQ=255) gcACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATc < 5:112988/140‑1 (MQ=255) cACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGt < 4:255817/149‑1 (MQ=255) cACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGt > 3:195592/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTgcgc < 4:104239/93‑1 (MQ=255) cGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTgcgc > 3:104239/1‑93 (MQ=255) gAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGAt < 4:109183/149‑1 (MQ=255) | TCACGTTGTAGGCGATATAGCCGAGGTTGAAACCGGCCTGCTGCGGCATTTGCAGGTTCTTGTCGGCTTTTAGCGGCTCGATGTCGGCCGGGCGTGGGAACAGGGTGACCTGGCACTCGTTCTTCTTGAGCTTCTGCATGCGCACCGAGGCGTCGGTGGTGATGGCAAAGATCAGGTTGTCGATCTTCACGTCCTCGGGCTGCCAGTAGTCCTTGTTGCCCTTGAAGCGGATCTGCGCGTCCTTCTGGTATTTGCTGAACACGAACGGGCCGGTGCCGATCGGCTTCTGGTTGAT > NC_002947/1027848‑1028142 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |