| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,273,543 | T→C | 8.5% | D11G (GAC→GGC) ‡ | PP_1114 ← | SEC‑C domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,273,543 | 0 | T | C | 8.5% | 195.5 / 7.0 | 70 | D11G (GAC→GGC) ‡ | PP_1114 | SEC‑C domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/40); new base C (3/3); total (27/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
TTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCA > NC_002947/1273396‑1273688 | ttGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGt > 2:90390/1‑148 (MQ=255) tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAg < 4:78416/148‑1 (MQ=255) tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAg < 1:364116/148‑1 (MQ=255) tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAg > 2:364116/1‑148 (MQ=255) aCTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAggg > 6:40538/1‑149 (MQ=255) aCTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAggg > 5:377205/1‑149 (MQ=255) cttcttCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGc < 5:189699/149‑1 (MQ=255) cttcttCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGGGGGGGCTGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAgg < 1:191918/148‑1 (MQ=255) ttcttcTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGc > 2:272975/1‑148 (MQ=255) gttgtcGCTACCGCTCGGGCAGGGGTCGTTACGGACAACGTCCTTCAGGGCGTTGAGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGACATGGTTGC‑AGTCAGGGc < 3:58676/142‑1 (MQ=255) ttctCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCAt > 2:234579/1‑148 (MQ=255) ctcGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCAt < 8:297809/146‑1 (MQ=255) gCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCCTGACTGC‑AACCATGGCCATGatc < 5:380750/147‑3 (MQ=255) 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ggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACAtt < 6:294905/149‑1 (MQ=255) tCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGc < 6:333570/149‑1 (MQ=255) gTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCa < 3:118168/148‑1 (MQ=255) gTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAg < 1:90390/149‑1 (MQ=255) aCGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGGGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAAGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGt > 6:253005/1‑149 (MQ=255) gCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGACCCTGACTGC‑AACCATGGCCATGat > 8:64955/1‑118 (MQ=255) gCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGACCCTGACTGC‑AACCATGGCCATGat < 7:64955/119‑2 (MQ=255) gCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCAGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACGTTGCAGGGTCAc > 7:130737/1‑149 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACt < 1:234579/149‑1 (MQ=255) cAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTc < 5:21658/149‑1 (MQ=255) aaCGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAgg < 5:147706/108‑1 (MQ=255) aaCGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAgg > 6:147706/1‑108 (MQ=255) aaCGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTcc > 8:167602/1‑149 (MQ=255) gaccTTGAGGTCGTTGCGTATCGGCGCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGGCTTTTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGTGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGt < 7:333009/147‑1 (MQ=255) gTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGt < 1:272975/149‑1 (MQ=255) gCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAAtcgt < 5:40538/149‑1 (MQ=255) cGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGa < 2:20532/149‑1 (MQ=255) gTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTTGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGAt > 7:238103/1‑149 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgg > 2:44879/1‑134 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgg < 1:44879/134‑1 (MQ=255) gtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGTGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCCCTACGGTATGTAAGCGTCGGGGATTATCTCACCACTg > 6:214459/1‑149 (MQ=255) gCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGAtt > 3:126866/1‑134 (MQ=255) 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gCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAgg > 4:202949/1‑149 (MQ=255) gCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAgg > 8:97456/1‑149 (MQ=255) aTGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAgg > 6:256543/1‑146 (MQ=255) aTGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGa < 5:256543/148‑1 (MQ=255) c‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCa < 2:5425/149‑1 (MQ=255) | TTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCA > NC_002947/1273396‑1273688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |