| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,273,546 | G→T | 9.6% | P10H (CCT→CAT) | PP_1114 ← | SEC‑C domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,273,546 | 0 | G | T | 9.6% | 181.7 / 7.3 | 63 | P10H (CCT→CAT) | PP_1114 | SEC‑C domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/36); new base T (3/3); total (23/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
TACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGG > NC_002947/1273399‑1273692 | tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAg < 4:78416/148‑1 (MQ=255)tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAg < 1:364116/148‑1 (MQ=255)tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAg > 2:364116/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCAGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACGTTGCAGGGTCAc > 7:130737/1‑149 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACt < 1:234579/149‑1 (MQ=255) cAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTc < 5:21658/149‑1 (MQ=255) aaCGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAgg < 5:147706/108‑1 (MQ=255) aaCGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAgg > 6:147706/1‑108 (MQ=255) aaCGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTcc > 8:167602/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgg > 2:284108/1‑123 (MQ=255) gTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgg < 1:284108/123‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAgg < 8:328296/95‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAgg > 7:328296/1‑95 (MQ=255) gCGGGCCGTGTACATGGCCGGGGGCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTc < 5:214459/149‑1 (MQ=255) gggCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTccc < 3:302670/149‑1 (MQ=255) 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aTGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAgg > 6:256543/1‑146 (MQ=255) aTGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGa < 5:256543/148‑1 (MQ=255) c‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCa < 2:5425/149‑1 (MQ=255) aGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCgg < 3:202949/148‑1 (MQ=255) | TACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGG‑TGATCATGGCCATGGTTGC‑AGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGG > NC_002947/1273399‑1273692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |