| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,327,121 | C→T | 50.4% | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE → / → PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,327,121 | 0 | C | T | 50.4% | 48.1 / 175.8 | 125 | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE/PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/31); new base T (32/31); total (63/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGT > NC_002947/1326976‑1327227 | gTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGACCCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACCTCAGCCTGCTGATGAGCGCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCagc < 4:227580/149‑3 (MQ=12)gTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATc > 1:36503/1‑149 (MQ=32) tCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATc > 2:260636/1‑148 (MQ=17) gTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAGTGAGCATTCGTATCGaa > 7:349188/1‑149 (MQ=17) gTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGaa > 3:341307/1‑149 (MQ=17) aCAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGt > 1:190126/1‑149 (MQ=17) cAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGtt > 3:92871/1‑149 (MQ=32) cAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGtt < 1:360176/149‑1 (MQ=32) aaGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGtt > 5:61793/1‑148 (MQ=17) ggTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGa > 3:73720/1‑141 (MQ=32) ggTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGa < 4:73720/141‑1 (MQ=32) ccGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTg < 4:341307/149‑1 (MQ=17) cGTAGGGGAACCTGCGGCTTGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTgg < 7:157337/149‑1 (MQ=17) cGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTgg < 7:196412/149‑1 (MQ=17) cGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTgg > 1:16024/1‑149 (MQ=17) cGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTgg < 6:61793/149‑1 (MQ=17) cGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTgg < 7:130145/149‑1 (MQ=32) gTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGc > 2:362320/1‑149 (MQ=32) ggggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCttt < 3:104739/149‑1 (MQ=32) ggggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCtt < 7:171342/148‑1 (MQ=32) gggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCtttt > 8:48346/1‑149 (MQ=32) ggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTg < 3:24239/149‑1 (MQ=17) aaCCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAATTGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTc < 8:349188/149‑1 (MQ=17) gCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGtt < 8:235534/149‑1 (MQ=32) 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< 7:48346/149‑1 (MQ=32) acgacATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtgt > 2:316324/1‑148 (MQ=17) acgacATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGATTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtgt > 5:244337/1‑148 (MQ=17) cgacATCAGCCTGCTGATGGGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTga < 4:317904/149‑1 (MQ=17) cgacATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACTCGAATTGCTTGATTCATTGGCGCAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTGCTTTAAAAATTCGGATAtgtta < 6:286939/149‑3 (MQ=255) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGt < 7:2640/114‑1 (MQ=32) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGt > 8:2640/1‑114 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4:131458/149‑1 (MQ=12) cacGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTc < 3:131298/101‑1 (MQ=32) ttGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtgg > 6:96112/1‑149 (MQ=32) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 1:260636/148‑1 (MQ=17) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 7:246212/148‑1 (MQ=17) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 7:72528/148‑1 (MQ=17) cTTGATTCTTTGTCGAAGACTTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGTAATGATCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 5:353119/148‑1 (MQ=11) cTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg > 1:198443/1‑148 (MQ=32) ttGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 5:10035/1‑149 (MQ=17) ttGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCgg > 8:293810/1‑104 (MQ=32) ttGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCgg < 7:293810/104‑1 (MQ=32) gATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtgg < 6:158540/146‑1 (MQ=32) aTTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGc > 7:45487/1‑72 (MQ=21) aTTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGc < 8:45487/72‑1 (MQ=21) ttCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCa < 8:134547/148‑1 (MQ=32) cATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg < 1:350294/148‑1 (MQ=32) aTTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGa < 2:174075/115‑1 (MQ=17) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg > 7:217343/1‑149 (MQ=17) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAgg > 4:239950/1‑149 (MQ=17) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg < 1:159543/148‑1 (MQ=32) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATAAGGCTAAGGt > 8:250782/1‑148 (MQ=11) | GTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAG‑AACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGT > NC_002947/1326976‑1327227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |