Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,387,895 | G→A | 10.4% | intergenic (+121/+1) | PP_1208 → / ← PP_1209 | SlyX family protein/cold‑shock protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,387,895 | 0 | G | A | 10.4% | 131.7 / 4.2 | 48 | intergenic (+121/+1) | PP_1208/PP_1209 | SlyX family protein/cold‑shock protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/22); new base A (2/3); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 |
GGAAGAGGCCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTCATCGCCCGAG > NC_002947/1387747‑1388043 | ggAAGAGGCCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTgg > 7:216197/1‑149 (MQ=255) aaGAGGCCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTc < 6:38365/149‑1 (MQ=255) agGCCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAAc < 8:219482/149‑1 (MQ=255) gCCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCTCAGGTTTGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGACCAAcgg < 2:246581/149‑1 (MQ=255) ccGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAAcggcgg < 4:315435/149‑1 (MQ=255) gCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGACCAAcggctgac < 6:94579/149‑5 (MQ=255) cctcATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGACGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACt > 7:60879/1‑149 (MQ=255) ctcATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGGCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACt < 1:30169/148‑1 (MQ=255) 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ttGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCAc < 4:91525/149‑1 (MQ=255) aGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTc > 8:75407/1‑149 (MQ=255) aGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTc > 1:162019/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCgg > 8:351799/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCg < 8:216197/148‑1 (MQ=255) ctgctATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAg < 3:57951/149‑1 (MQ=255) tgctATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGACCAAcggc < 4:173225/117‑1 (MQ=255) tgctATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGACCAAcggc > 3:173225/1‑117 (MQ=255) tATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGt < 8:59541/107‑1 (MQ=255) tATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGt > 7:59541/1‑107 (MQ=255) tCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGccc < 2:283531/147‑1 (MQ=255) tCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACCTCTTCGGCCTGCAGGCCCtt > 8:345111/1‑149 (MQ=255) cAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCgg < 8:60879/149‑1 (MQ=255) aaGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGt < 7:351799/149‑1 (MQ=255) ccACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCg > 6:116884/1‑148 (MQ=255) aGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAAc < 5:353051/149‑1 (MQ=255) 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6:335933/112‑1 (MQ=255) ggTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTcg > 5:335933/1‑112 (MQ=255) cagcaCGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCa < 6:229595/148‑1 (MQ=255) ggCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCg < 2:162019/149‑1 (MQ=255) ccTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCATTCGACCAGAATGCGGTg > 8:144185/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCa < 2:292882/149‑1 (MQ=255) cGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCTCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGccc < 7:345111/149‑1 (MQ=255) gTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTNAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGccc > 1:29310/1‑148 (MQ=255) aTAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGaaa < 7:110040/148‑1 (MQ=255) tAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATg < 6:364114/139‑1 (MQ=255) tAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATg > 5:364114/1‑139 (MQ=255) gCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTg > 6:349028/1‑148 (MQ=255) gTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCAc > 3:339457/1‑149 (MQ=255) cgCCGTTGACCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTCAt > 4:179405/2‑149 (MQ=255) aGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTCAt > 2:264272/1‑149 (MQ=255) gTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTCATCGCCCGAg > 5:286621/1‑149 (MQ=255) | GGAAGAGGCCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTCATCGCCCGAG > NC_002947/1387747‑1388043 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |