Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,405,829 | G→A | 12.0% | I424I (ATC→ATT) | puuP ← | putrescine permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,405,829 | 0 | G | A | 12.0% | 125.4 / 7.5 | 50 | I424I (ATC→ATT) | puuP | putrescine permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/23); new base A (3/3); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.32e-02 |
GGGGCTTTCCTTTTCGAACAAATGCAACGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAGCAGTGGTTGATCAC > NC_002947/1405683‑1405975 | ggggCTTTCCTTTTCGAACAAATGCAACGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGa < 7:49509/148‑1 (MQ=255) gggCTTTCCTTTTCGAACAAATGCAACGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATa > 1:371512/1‑149 (MQ=255) ggCTTTCCTTTTCGAACAAATGCAACGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACAAGCCCGAGCGCAGCCCAGATAc > 5:86219/1‑149 (MQ=255) cGAACAAATGCAACGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATc < 5:34020/148‑1 (MQ=255) gAACAAATGCAACGCCCACGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCa < 1:204114/148‑1 (MQ=255) cAAATGCAACGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGa < 8:309442/149‑1 (MQ=255) aaCGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACAACAGCGAATGTGCg > 4:59610/1‑149 (MQ=255) aagCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGt > 8:294257/3‑149 (MQ=255) aCGCCCGCGATCAGGCGGGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGt < 6:86219/149‑1 (MQ=255) aCGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGt > 2:50099/1‑149 (MQ=255) ccGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGCGGACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACAACCCCGAGCGCAGCCCCGATACCGCCAAACAGCACCGAAt > 1:262772/1‑140 (MQ=255) ccGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAAt < 2:262772/139‑1 (MQ=255) ccGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAg < 2:371512/149‑1 (MQ=255) gcgGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAg > 5:56576/1‑149 (MQ=255) cgGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGc < 7:294257/149‑1 (MQ=255) gCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACgatgat < 1:50099/148‑1 (MQ=255) gggTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGc > 5:48601/1‑149 (MQ=255) gggTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGc > 5:312002/1‑149 (MQ=255) gC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCgg < 6:312002/149‑1 (MQ=255) c‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGACAAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCgg > 8:315890/1‑148 (MQ=255) aCGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCgg > 3:301584/1‑146 (MQ=255) aCGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCa < 4:301584/148‑1 (MQ=255) gTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTa > 3:138271/1‑149 (MQ=255) tAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCAAGGTAGACAAGCCCGAGCGCAGCCAAGATACCCCCAAACATCAGCGAAAGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACgatc > 4:1384/1‑122 (MQ=255) tAGGTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCGCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACgatg < 3:1384/123‑1 (MQ=255) ttGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAAc < 2:337505/78‑1 (MQ=255) ttGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAAc > 1:337505/1‑78 (MQ=255) tGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGCTGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAgg > 6:371126/1‑149 (MQ=255) ggCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGt < 7:29989/148‑1 (MQ=255) cGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACt > 5:1394/1‑149 (MQ=255) ggTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCtt > 1:135248/1‑149 (MQ=255) gTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGATTGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCtt < 4:118704/148‑1 (MQ=255) tCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTa < 5:371126/149‑1 (MQ=255) cagccCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGtt < 7:315890/149‑1 (MQ=255) gccCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGc < 8:85251/149‑1 (MQ=255) aCCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGGCCTGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTGGGCAGTACGAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAg < 1:12423/149‑1 (MQ=255) cAGCCCGAGCGCAGCCCAAATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTgg > 5:234345/1‑119 (MQ=255) cAGCCCGAGCGCAGCCCAAATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTgg > 3:368400/1‑119 (MQ=255) cAGCCCGAGCGCAGCCCAAATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTgg < 6:234345/119‑1 (MQ=255) cAGCCCGAGCGCAGCCCAAATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTgg < 6:229026/119‑1 (MQ=255) cAGCCCGAGCGCAGCCCAAATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTgg < 4:368400/119‑1 (MQ=255) cAGCCCGAGCGCAGCCCAAATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTgg > 5:229026/1‑119 (MQ=255) ccGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAg > 7:178362/1‑147 (MQ=255) cGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAGCAg > 2:78589/1‑149 (MQ=255) gcgcAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGTCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAGCAGTgg < 8:194153/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAGCAGTgg < 2:135248/149‑1 (MQ=255) gcAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAGCAGTGGtt < 4:138271/149‑1 (MQ=255) aGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCt < 2:79873/127‑1 (MQ=255) aGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCt > 1:79873/1‑127 (MQ=255) cAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAGCAGTGGTTGATCaa > 1:316685/1‑148 (MQ=255) | GGGGCTTTCCTTTTCGAACAAATGCAACGCCCGCGATCAGGCGCGGGCGTTGTTGGCAGCGTGGGTCATTCGGC‑GACGTAGTTGGGCGGTGCCGCGCGGAAGGCTTTGGTCAGCCAGCCCAGGTAGACCAGCCCGAGCGCAGCCCAGATACCGCCAAACATCAGCGAATGTGCGTTCAGGTCCAGCCACAGCGAGACGATGATGCAGAAGCCGATGGTCGGCAGTACCAGGTACTTCAGCTGGTTGGCCAGGCCTTTACGGTTGCCTTCGCGCAGGTAGCAGTGGTTGATCAC > NC_002947/1405683‑1405975 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |