| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,468,753 | T→G | 5.3% | S464R (AGC→CGC) | algK ← | alginate biosynthesis protein AlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,468,753 | 0 | T | G | 5.3% | 244.3 / 4.0 | 76 | S464R (AGC→CGC) | algK | alginate biosynthesis protein AlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/33); new base G (2/2); total (41/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
ATTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGG > NC_002947/1468612‑1468901 | aTTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTcgcg > 4:357487/1‑149 (MQ=255)aTTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTcgcg > 3:160317/1‑149 (MQ=255) tttCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCgcgc > 4:27848/1‑149 (MQ=255) tCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGcc < 4:337038/148‑1 (MQ=255) tCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGcc < 3:217414/148‑1 (MQ=255) gCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTgc > 5:267296/1‑149 (MQ=255) gTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAgg < 3:357487/149‑1 (MQ=255) tCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑AGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGc > 8:86444/1‑149 (MQ=255) 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ccGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGt > 5:110414/1‑149 (MQ=255) ccGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTgg < 4:160317/149‑1 (MQ=255) gCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGcc > 4:266692/1‑149 (MQ=255) cTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCCGTCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAACTGCTggac > 1:237472/1‑146 (MQ=255) cTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAACTGCTGGAcc < 2:237472/148‑1 (MQ=255) 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ttGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGa > 6:169490/1‑146 (MQ=255) gAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAg < 3:266692/148‑1 (MQ=255) atcGTCATAGCGAGGCC‑TCACCTTCTACTTC‑TTAC‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGgt < 7:355825/146‑1 (MQ=255) cGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGgtgt < 3:27848/149‑1 (MQ=255) aTAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGc > 4:88963/1‑119 (MQ=255) aTAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGc < 3:88963/119‑1 (MQ=255) tAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGtt > 5:367010/1‑149 (MQ=255) tCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTc < 2:268803/149‑1 (MQ=255) aCCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAg < 3:353149/147‑1 (MQ=255) cGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgctgc > 6:49518/1‑149 (MQ=255) gTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgctgct < 8:225042/149‑1 (MQ=255) gTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgctgct > 5:229255/1‑149 (MQ=255) tCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCt > 1:203645/1‑109 (MQ=255) tCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCt < 2:203645/109‑1 (MQ=255) tCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGctgctg > 7:348359/1‑149 (MQ=255) cttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTgcag < 5:49518/148‑1 (MQ=255) cttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGACGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGATGGTCGAGCTGCTgcag > 7:301851/1‑148 (MQ=255) ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgc > 7:284949/1‑139 (MQ=255) ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgc < 8:284949/139‑1 (MQ=255) ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTgcag > 6:184713/1‑147 (MQ=255) ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTgcag > 1:55938/1‑147 (MQ=255) ttt‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGtt < 1:155685/147‑1 (MQ=255) 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cGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGt < 7:58500/142‑1 (MQ=255) cGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGt > 8:58500/1‑142 (MQ=255) cGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTg > 7:338647/1‑149 (MQ=255) gggCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGcc > 5:11793/1‑149 (MQ=255) gggCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGcc > 7:139278/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCt < 3:160028/149‑1 (MQ=255) gcAGGGCGCGAATAGCACCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTgg < 2:269853/100‑1 (MQ=255) gcAGGGCGCGAATAGCACCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTgg > 1:269853/2‑101 (MQ=255) gcAGGGCGCGAATAGCACCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGc < 1:134460/144‑1 (MQ=255) gcAGGGCGCGAATAGCACCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGc > 2:134460/2‑145 (MQ=255) ggTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGa > 3:265654/1‑147 (MQ=255) tATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTCCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTgg > 8:63077/1‑149 (MQ=255) | ATTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGG > NC_002947/1468612‑1468901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |