| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,468,755 | T→A | 5.2% | N463I (AAT→ATT) | algK ← | alginate biosynthesis protein AlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,468,755 | 0 | T | A | 5.2% | 241.1 / 2.1 | 77 | N463I (AAT→ATT) | algK | alginate biosynthesis protein AlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/33); new base A (2/2); total (42/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
ATTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGC > NC_002947/1468612‑1468903 | aTTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTcgcg > 4:357487/1‑149 (MQ=255)aTTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTcgcg > 3:160317/1‑149 (MQ=255) tttCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCgcgc > 4:27848/1‑149 (MQ=255) tCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGcc < 4:337038/148‑1 (MQ=255) tCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGcc < 3:217414/148‑1 (MQ=255) gCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTgc > 5:267296/1‑149 (MQ=255) gTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAgg < 3:357487/149‑1 (MQ=255) tCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑AGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGc > 8:86444/1‑149 (MQ=255) aGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCcgc > 1:321072/1‑149 (MQ=255) ggACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCcgcg > 7:225042/1‑149 (MQ=255) gACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGt < 6:267296/149‑1 (MQ=255) cctcagcagGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTgc > 4:39894/4‑132 (MQ=255) cctcagcagGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTgc < 3:39894/129‑1 (MQ=255) 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ccGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGt > 5:110414/1‑149 (MQ=255) ccGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTgg < 4:160317/149‑1 (MQ=255) gCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGcc > 4:266692/1‑149 (MQ=255) cTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCCGTCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAACTGCTggac > 1:237472/1‑146 (MQ=255) cTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAACTGCTGGAcc < 2:237472/148‑1 (MQ=255) 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tAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGtt > 5:367010/1‑149 (MQ=255) tCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTc < 2:268803/149‑1 (MQ=255) aCCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAg < 3:353149/147‑1 (MQ=255) cGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgctgc > 6:49518/1‑149 (MQ=255) gTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgctgct > 5:229255/1‑149 (MQ=255) 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ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgc > 7:284949/1‑139 (MQ=255) ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAgc < 8:284949/139‑1 (MQ=255) ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTgcag > 6:184713/1‑147 (MQ=255) ttcttTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTgcag > 1:55938/1‑147 (MQ=255) ttt‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGtt < 1:155685/147‑1 (MQ=255) 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cGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGt > 8:58500/1‑142 (MQ=255) cGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGt < 7:58500/142‑1 (MQ=255) cGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTg > 7:338647/1‑149 (MQ=255) gggCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGcc > 7:139278/1‑149 (MQ=255) gggCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGcc > 5:11793/1‑149 (MQ=255) 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tATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTCCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTgg > 8:63077/1‑149 (MQ=255) ttCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTggg < 6:11793/148‑1 (MQ=255) ttCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTgg < 3:91845/147‑1 (MQ=255) ttCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGc < 2:55938/149‑1 (MQ=255) | ATTTCCGCCAGGGTCGGGCAGGACCACAGCAGGGCGAAGCTCAGGCCGATGCCGGCTTTCACGAAGGGATTGAGCGTCATAGCGAGTCC‑TCACCGTCTACTTCTTTTT‑CGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGC > NC_002947/1468612‑1468903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |