Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,485,741 | G→C | 7.0% | L210L (CTG→CTC) | yhdY → | amino acid ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,485,741 | 0 | G | C | 7.0% | 179.0 / 4.1 | 57 | L210L (CTG→CTC) | yhdY | amino acid ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/30); new base C (2/2); total (25/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.18e-01 |
CTGGTGATCGCCACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGG > NC_002947/1485595‑1485887 | cTGGTGATCGCCACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGtt < 3:263551/149‑1 (MQ=255) cTGGTGATCGCCACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGtt < 3:244004/149‑1 (MQ=255) gTGATCGCCACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCAt > 2:192008/1‑149 (MQ=255) gATCGCCACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATgt > 4:263221/1‑149 (MQ=255) ccACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGtcgtcg > 8:327260/1‑149 (MQ=255) cACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCgg < 8:249893/149‑1 (MQ=255) ccGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTg < 3:263221/149‑1 (MQ=255) ggCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGAtgct > 6:8096/1‑149 (MQ=255) cATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGACATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGAtgctgc > 7:173676/1‑149 (MQ=255) aTCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGcc > 3:255458/1‑149 (MQ=255) gtcgGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGGCGGCGTTCGTGGATGACGGACGGGATAGTGGTGTGCGTAAGCTTCATCGAGTTC‑TGTCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCgtt < 1:74017/149‑1 (MQ=255) cgGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCgttgt > 3:29171/1‑149 (MQ=255) ggCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCgttgt < 4:253281/148‑1 (MQ=255) gcCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCt < 8:115464/149‑1 (MQ=255) ttGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGc > 3:268639/1‑148 (MQ=255) gCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAg > 5:377800/1‑149 (MQ=255) tGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAgg > 2:179766/1‑148 (MQ=255) ggCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGc < 5:8096/147‑1 (MQ=255) cATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGa < 4:255458/149‑1 (MQ=255) aTCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAg < 4:53770/149‑1 (MQ=255) aTCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAg < 4:48866/149‑1 (MQ=255) gctgGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGTCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAg < 5:246082/137‑1 (MQ=255) gctgGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGTCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAg > 6:246082/1‑137 (MQ=255) ctgGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTc < 8:144336/147‑1 (MQ=255) ctgGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTc < 3:54745/147‑1 (MQ=255) ctgGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTc < 8:173676/147‑1 (MQ=255) ctgGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCg < 3:354724/148‑1 (MQ=255) ctgGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGa < 4:268639/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGtcgtcg < 5:105462/103‑1 (MQ=255) aCTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGtcgtcg > 6:105462/1‑103 (MQ=255) gCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTCTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCt > 6:294698/1‑118 (MQ=255) gCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTCTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCt > 6:289859/1‑118 (MQ=255) gCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTCTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCt < 5:289859/118‑1 (MQ=255) gCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTCTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCt < 5:294698/118‑1 (MQ=255) ccGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTCAGGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGctgctg > 1:101256/1‑149 (MQ=255) ccGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGGGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGGGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAAGCATGAGCTTCGACAAGCtgctgc < 2:253263/149‑1 (MQ=255) cGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCg > 6:127034/1‑149 (MQ=255) gCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCggg < 6:377800/149‑1 (MQ=255) gATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCg > 2:208452/1‑149 (MQ=255) tGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGgt < 4:29171/149‑1 (MQ=255) ccgTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCAGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATc > 1:5768/1‑149 (MQ=255) tgtgCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCg < 5:127034/149‑1 (MQ=255) tgCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGc < 1:192008/149‑1 (MQ=255) tgCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCAGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGc < 2:5768/149‑1 (MQ=255) cGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCg < 1:208452/148‑1 (MQ=255) ccTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATTCTGTTCCAGTCGGCGAACATc > 3:112630/1‑149 (MQ=255) cTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCg > 4:233948/1‑149 (MQ=255) aGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAggtg < 3:177101/149‑1 (MQ=255) c‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAggtg > 4:94067/1‑145 (MQ=255) c‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAggtg < 3:94067/145‑1 (MQ=255) gggCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCgcggcg < 3:233948/149‑1 (MQ=255) aCCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTg > 8:40837/1‑148 (MQ=255) ccGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCa < 2:120002/149‑1 (MQ=255) gCTGATCACCGTAATGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCaag < 2:101256/149‑3 (MQ=255) cTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGc > 6:69390/1‑149 (MQ=255) gATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCa > 8:116951/1‑149 (MQ=255) cTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAggg > 8:234573/1‑149 (MQ=255) | CTGGTGATCGCCACCGTGGGCATCGTCGGCGCCTTGCCGCTGGGCATCCTGCTGGCACTGGGCCGGCGTTCGAGGATGCCGGCCGTGAAAGTGGTGTGCGTAACCTTCATCGAGTTC‑TGGCGGGGCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGG > NC_002947/1485595‑1485887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |