| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,629,178 | G→T | 8.4% | V230F (GTC→TTC) ‡ | mucB → | sigma factor AlgU regulator MucB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,629,178 | 0 | G | T | 8.4% | 173.1 / 4.4 | 55 | V230F (GTC→TTC) ‡ | mucB | sigma factor AlgU regulator MucB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base T (2/3); total (28/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGA > NC_002947/1629030‑1629322 | gATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTgg < 6:295745/149‑1 (MQ=255)gATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTgg < 6:290844/149‑1 (MQ=255)gATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTgg > 3:231917/1‑149 (MQ=255) ccGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCaa > 5:188461/1‑147 (MQ=255) ccGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACa < 2:132203/149‑1 (MQ=255) gAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGa > 4:95314/1‑149 (MQ=255) aaaTACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGAt < 4:231917/149‑1 (MQ=255) ccAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGTTGACCAGCTCgaa < 2:312860/133‑3 (MQ=255) gACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCGGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCacaa < 3:31742/149‑1 (MQ=255) aGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGtt > 4:118705/1‑149 (MQ=255) gACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTc > 1:112858/1‑149 (MQ=255) aCTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCg > 2:190597/1‑149 (MQ=255) gcgcCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGt < 2:343307/147‑1 (MQ=255) gcgcCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTc < 3:95314/148‑1 (MQ=255) gcgcCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTc < 3:241260/148‑1 (MQ=255) aGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGcc < 2:112858/149‑1 (MQ=255) aGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGcc < 1:118554/149‑1 (MQ=255) gcctgcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTa > 2:90545/1‑149 (MQ=255) gcctgcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTa > 1:251954/1‑149 (MQ=255) ctgcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATg < 6:188461/149‑1 (MQ=255) gcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATgac > 4:319165/1‑149 (MQ=255) gCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGacgacg > 2:357593/1‑149 (MQ=255) cAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGc > 1:329156/1‑149 (MQ=255) tGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTg < 4:221251/149‑1 (MQ=255) agcaTGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGgcg < 1:190597/149‑1 (MQ=255) caTGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAAc > 3:180151/1‑78 (MQ=255) caTGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAAc < 4:180151/78‑1 (MQ=255) tgGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGtttt > 4:296822/1‑149 (MQ=255) tgGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGttt < 1:90545/148‑1 (MQ=255) gCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGttttt < 1:357593/148‑1 (MQ=255) ccGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTc > 3:288446/1‑103 (MQ=255) ccGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTc < 4:288446/103‑1 (MQ=255) ccGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGgtg < 3:118705/149‑1 (MQ=255) gcaATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATc < 2:177342/149‑1 (MQ=255) aaTTATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCTCCCGGTTTCGAGCTGTTCAACAGCTCTTTACGCCGTGATGCCAAGCACAACAGTTCGGTCTGCAGCC‑TTATGTATGTCGACGGCCTGGCGGGTTTTTCGGGGTTCATCGa < 8:35462/149‑1 (MQ=255) aaTGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCg < 4:162435/138‑1 (MQ=255) aaTGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCg > 3:162435/1‑138 (MQ=255) atgCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGc > 8:353650/1‑147 (MQ=255) cGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGa < 3:92064/149‑1 (MQ=255) tCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGc > 1:359706/1‑149 (MQ=255) cGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATggcgg < 3:296822/149‑1 (MQ=255) gTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATc > 4:27859/1‑125 (MQ=255) gTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATc < 3:27859/125‑1 (MQ=255) ggACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCAcc < 2:251954/148‑1 (MQ=255) gCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGgc > 8:183136/1‑96 (MQ=255) gCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgc > 3:355853/1‑149 (MQ=255) cACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAcc > 4:323269/1‑149 (MQ=255) aCCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCAc > 7:319640/1‑135 (MQ=255) aCCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCAc < 8:319640/135‑1 (MQ=255) ggtgtaccGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAg > 8:11547/8‑149 (MQ=255) ccGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCAc > 2:249065/1‑133 (MQ=255) ccGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCAc < 1:249065/133‑1 (MQ=255) ccGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAg > 2:153116/1‑149 (MQ=255) taccGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAcc < 5:8240/139‑1 (MQ=255) taccGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAcc > 6:8240/4‑142 (MQ=255) aGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGccc > 5:200805/1‑148 (MQ=255) gCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCATGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCCCCCAGCTAGGCCCg > 1:101189/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGa > 8:32087/1‑149 (MQ=255) | GATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCC‑TGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGA > NC_002947/1629030‑1629322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |