Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,696,391 | T→C | 8.3% | S142P (TCC→CCC) ‡ | PP_1492 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,696,391 | 0 | T | C | 8.3% | 131.8 / 2.6 | 48 | S142P (TCC→CCC) ‡ | PP_1492 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/22); new base C (2/2); total (24/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
TTGCAAGGTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCGTGTCACCGCCGACCG > NC_002947/1696250‑1696539 | ttGCAAGGTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTgc < 8:77695/148‑1 (MQ=255) gTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCAGCGGCGGCACGGATGCCGCCGGTg > 4:296978/1‑149 (MQ=255) ccGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCAGCGGCGGCACGGATGCCGCCGGTGGCa < 3:296978/149‑1 (MQ=255) aCCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAAcc > 8:176544/1‑149 (MQ=255) ctgATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTgc < 1:190690/148‑1 (MQ=255) gATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTgccgc > 5:341923/1‑149 (MQ=255) tGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCt < 7:290391/149‑1 (MQ=255) gCGTATTGCCACACCCTGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAACTGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCGTGTCGTGCCACCGGCGGCATGCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCt < 7:269577/148‑1 (MQ=255) cacaCCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATgg > 3:262967/1‑149 (MQ=255) acacCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCCGCATCCGTGCCGCCCCAGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATgc > 2:81962/1‑147 (MQ=255) acCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCACGGATGCCGCCGGTg > 4:337950/1‑121 (MQ=255) acCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCACGGATGCCGCCGGTg < 3:337950/121‑1 (MQ=255) cccGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAAt < 4:262967/149‑1 (MQ=255) cGGGGATGCCGGGGCGCAGGAGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCATGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGc < 8:149041/149‑1 (MQ=255) ggTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCCTCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCGGCCCCCATGGTAATGcc > 4:45175/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAaccac > 1:330454/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAaccac < 3:340564/149‑1 (MQ=255) ggCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCCCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAAc > 8:4624/1‑149 (MQ=255) gCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAAc > 1:290876/1‑148 (MQ=255) aCCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCaga < 2:290876/149‑1 (MQ=255) cTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGc > 6:71217/1‑149 (MQ=255) gCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTTCCGCCGCTGGGCACCCTGCCGCCTGCCCCCAAGGTAATGACAGCCGAACCACCGGGACCTGGGCCCg > 2:211179/1‑149 (MQ=255) gtgtTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCCTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCCCCTGCCCCCATGGTAATGCCACCCGAACCACCGGCACCAGAGCCCG‑CAcc > 2:21334/1‑149 (MQ=255) cTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCt > 3:153324/1‑149 (MQ=255) cAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCCCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCCAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTgcggcg > 6:177363/1‑149 (MQ=255) aaaTGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCCCCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGCACCCCCGGAACCAGAGCCCG‑GACCCGCCCTGCGgcgc > 2:274591/1‑149 (MQ=255) tGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAg < 2:330454/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCTCCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAgg > 6:110451/1‑149 (MQ=255) cTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCCGCGGCATCCGTGCCGCCCCAGGCAACCCAGCCCCCGGCCCCCAAGGTAATTCCAGCCGCACCACCGGAAACAGACCCCC‑ACCCCCCCCAGCGGCGCCAGTCAGGCaa > 6:41566/1‑149 (MQ=255) cTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGCAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCaa < 1:21334/147‑1 (MQ=255) gcgcCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAg < 7:176544/149‑1 (MQ=255) ccTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGt > 8:117392/1‑149 (MQ=255) ccATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGcc < 6:341923/146‑1 (MQ=255) cATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGc < 5:177363/149‑1 (MQ=255) aTGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCg < 7:4624/149‑1 (MQ=255) ccTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCggg < 3:74468/148‑1 (MQ=255) ccTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCggg < 4:153324/148‑1 (MQ=255) tCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGtctgc < 7:117392/149‑5 (MQ=255) tCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTg > 5:175644/1‑149 (MQ=255) cGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGc < 6:235056/149‑1 (MQ=255) gTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGc < 6:5792/148‑1 (MQ=255) gTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGc < 6:175644/148‑1 (MQ=255) tGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCgt > 3:314515/1‑149 (MQ=255) tGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCgt < 5:71217/149‑1 (MQ=255) tGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCgt > 3:309228/1‑149 (MQ=255) cACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGACCCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGTGTACTGCgtgt > 5:350560/1‑148 (MQ=255) cACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAgg < 2:208197/126‑1 (MQ=255) cACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAgg > 1:208197/1‑126 (MQ=255) tCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCGTGTCACCGCCGACCg > 5:57179/1‑149 (MQ=255) | TTGCAAGGTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCG‑AACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCGTGTCACCGCCGACCG > NC_002947/1696250‑1696539 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |